src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.datamodel;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 public class HiddenSequences\r
  25 {\r
  26   Hashtable hiddenSequences;\r
  27   AlignmentI alignment;\r
  28 \r
  29   public HiddenSequences(AlignmentI al)\r
  30   {\r
  31     alignment = al;\r
  32   }\r
  33 \r
  34   public int getSize()\r
  35   {\r
  36     return hiddenSequences == null ? 0 : hiddenSequences.size();\r
  37   }\r
  38 \r
  39   public int getWidth()\r
  40   {\r
  41     Enumeration en = hiddenSequences.elements();\r
  42     int width = 0;\r
  43     while(en.hasMoreElements())\r
  44     {\r
  45       SequenceI seq = (SequenceI)en.nextElement();\r
  46       if(seq.getLength()>width)\r
  47         width = seq.getLength();\r
  48     }\r
  49     return width;\r
  50   }\r
  51 \r
  52   public void hideSequence(SequenceI sequence)\r
  53   {\r
  54     if(hiddenSequences==null)\r
  55       hiddenSequences = new Hashtable();\r
  56 \r
  57     int alignmentIndex = alignment.findIndex(sequence);\r
  58     alignmentIndex = adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex);\r
  59 \r
  60     hiddenSequences.put(new Integer(alignmentIndex), sequence);\r
  61 \r
  62     alignment.deleteSequence(sequence);\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public void showAll()\r
  66   {\r
  67    for(int i=0; i<alignment.getHeight()+hiddenSequences.size(); i++)\r
  68      showSequence(i);\r
  69   }\r
  70 \r
  71   public void showSequence(int alignmentIndex)\r
  72   {\r
  73     SequenceI repSequence = alignment.getSequenceAt(alignmentIndex);\r
  74     if(repSequence!=null\r
  75        && repSequence.getHiddenSequences()==null\r
  76        && alignmentIndex>0)\r
  77       repSequence = alignment.getSequenceAt(alignmentIndex-1);\r
  78 \r
  79     if(repSequence!=null\r
  80        && repSequence.getHiddenSequences()==null)\r
  81       repSequence = null;\r
  82 \r
  83     int start = adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex-1);\r
  84     int end = adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex);\r
  85 \r
  86     for(int index = end; index > start; index--)\r
  87     {\r
  88       SequenceI seq =  (SequenceI)hiddenSequences.remove(new Integer(\r
  89           index));\r
  90 \r
  91       if(seq!=null)\r
  92       {\r
  93         alignment.getSequences().insertElementAt(seq, alignmentIndex);\r
  94         if(repSequence!=null)\r
  95         {\r
  96           repSequence.showHiddenSequence(seq);\r
  97         }\r
  98       }\r
  99     }\r
 100   }\r
 101 \r
 102   public Hashtable getHiddenSequences()\r
 103   {\r
 104     return hiddenSequences;\r
 105   }\r
 106 \r
 107   public SequenceI getHiddenSequence(int alignmentIndex)\r
 108   {\r
 109     return (SequenceI)hiddenSequences.get(new Integer(alignmentIndex));\r
 110   }\r
 111 \r
 112   public int findIndexWithoutHiddenSeqs(int alignmentIndex)\r
 113   {\r
 114     int index = 0;\r
 115     int hiddenSeqs = 0;\r
 116     while(index <= alignmentIndex)\r
 117     {\r
 118      if(hiddenSequences.containsKey(new Integer(index)))\r
 119      {\r
 120        hiddenSeqs ++;\r
 121      }\r
 122       index ++;\r
 123     };\r
 124 \r
 125     return (alignmentIndex - hiddenSeqs) ;\r
 126   }\r
 127 \r
 128   public int adjustForHiddenSeqs(int alignmentIndex)\r
 129   {\r
 130     int index = 0;\r
 131     while(index <= alignmentIndex)\r
 132     {\r
 133      if(hiddenSequences.containsKey(new Integer(index)))\r
 134      {\r
 135        alignmentIndex ++;\r
 136      }\r
 137       index ++;\r
 138     };\r
 139 \r
 140     return alignmentIndex ;\r
 141   }\r
 142 \r
 143   public AlignmentI getFullAlignment()\r
 144   {\r
 145     int isize = alignment.getHeight()+hiddenSequences.size();\r
 146     SequenceI [] seq = new Sequence[isize];\r
 147 \r
 148     Enumeration en = hiddenSequences.keys();\r
 149     while(en.hasMoreElements())\r
 150     {\r
 151       Integer key = (Integer)en.nextElement();\r
 152       seq[key.intValue()] = (SequenceI)hiddenSequences.get(key);\r
 153     }\r
 154 \r
 155     int index = 0;\r
 156     for(int i=0; i<isize; i++)\r
 157     {\r
 158       if(seq[i]!=null)\r
 159       {\r
 160         continue;\r
 161       }\r
 162 \r
 163       seq[i] = alignment.getSequenceAt(index);\r
 164       index++;\r
 165     }\r
 166 \r
 167     return new Alignment(seq);\r
 168   }\r
 169 \r
 170   public boolean isHidden(SequenceI seq)\r
 171   {\r
 172     return hiddenSequences.contains(seq);\r
 173   }\r
 174 }\r