src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.datamodel;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 public class HiddenSequences\r
  25 {\r
  26   Hashtable hiddenSequences;\r
  27   AlignmentI alignment;\r
  28 \r
  29   public HiddenSequences(AlignmentI al)\r
  30   {\r
  31     alignment = al;\r
  32   }\r
  33 \r
  34   public int getSize()\r
  35   {\r
  36     return hiddenSequences == null ? 0 : hiddenSequences.size();\r
  37   }\r
  38 \r
  39   public void hideSequence(SequenceI sequence)\r
  40   {\r
  41     if(hiddenSequences==null)\r
  42       hiddenSequences = new Hashtable();\r
  43 \r
  44     int alignmentIndex = alignment.findIndex(sequence);\r
  45     alignmentIndex = adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex);\r
  46 \r
  47     hiddenSequences.put(new Integer(alignmentIndex), sequence);\r
  48 \r
  49     alignment.deleteSequence(sequence);\r
  50   }\r
  51 \r
  52   public void showSequence(int alignmentIndex)\r
  53   {\r
  54     SequenceI repSequence = alignment.getSequenceAt(alignmentIndex);\r
  55     if(repSequence.getHiddenSequences()==null && alignmentIndex>0)\r
  56       repSequence = alignment.getSequenceAt(alignmentIndex-1);\r
  57     if(repSequence.getHiddenSequences()==null)\r
  58       repSequence = null;\r
  59 \r
  60     int start = adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex-1);\r
  61     int end = adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex);\r
  62 \r
  63     for(int index = end; index > start; index--)\r
  64     {\r
  65       SequenceI seq =  (SequenceI)hiddenSequences.remove(new Integer(\r
  66           index));\r
  67 \r
  68       if(seq!=null)\r
  69       {\r
  70         alignment.getSequences().insertElementAt(seq, alignmentIndex);\r
  71         if(repSequence!=null)\r
  72         {\r
  73           repSequence.showHiddenSequence(seq);\r
  74         }\r
  75       }\r
  76     }\r
  77   }\r
  78 \r
  79   public SequenceI getHiddenSequence(int alignmentIndex)\r
  80   {\r
  81     return (SequenceI)hiddenSequences.get(new Integer(alignmentIndex));\r
  82   }\r
  83 \r
  84   public int findIndexWithoutHiddenSeqs(int alignmentIndex)\r
  85   {\r
  86     int index = 0;\r
  87     int hiddenSeqs = 0;\r
  88     while(index <= alignmentIndex)\r
  89     {\r
  90      if(hiddenSequences.containsKey(new Integer(index)))\r
  91      {\r
  92        hiddenSeqs ++;\r
  93      }\r
  94       index ++;\r
  95     };\r
  96 \r
  97     return (alignmentIndex - hiddenSeqs) ;\r
  98   }\r
  99 \r
 100   public int adjustForHiddenSeqs(int alignmentIndex)\r
 101   {\r
 102     int index = 0;\r
 103     while(index <= alignmentIndex)\r
 104     {\r
 105      if(hiddenSequences.containsKey(new Integer(index)))\r
 106      {\r
 107        alignmentIndex ++;\r
 108      }\r
 109       index ++;\r
 110     };\r
 111 \r
 112     return alignmentIndex ;\r
 113   }\r
 114 }\r