Takes string[] instead of seq[]
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / HiddenSequences.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 \r
20 package jalview.datamodel;\r
21 \r
22 import java.util.*;\r
23 \r
24 public class HiddenSequences\r
25 {\r
26   Hashtable hiddenSequences;\r
27   AlignmentI alignment;\r
28 \r
29   public HiddenSequences(AlignmentI al)\r
30   {\r
31     alignment = al;\r
32   }\r
33 \r
34   public int getSize()\r
35   {\r
36     return hiddenSequences == null ? 0 : hiddenSequences.size();\r
37   }\r
38 \r
39   public void hideSequence(SequenceI sequence)\r
40   {\r
41     if(hiddenSequences==null)\r
42       hiddenSequences = new Hashtable();\r
43 \r
44     int alignmentIndex = alignment.findIndex(sequence);\r
45     alignmentIndex = adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex);\r
46 \r
47     hiddenSequences.put(new Integer(alignmentIndex), sequence);\r
48 \r
49     alignment.deleteSequence(sequence);\r
50   }\r
51 \r
52   public void showAll()\r
53   {\r
54    for(int i=0; i<alignment.getHeight()+hiddenSequences.size(); i++)\r
55      showSequence(i);\r
56   }\r
57 \r
58   public void showSequence(int alignmentIndex)\r
59   {\r
60     SequenceI repSequence = alignment.getSequenceAt(alignmentIndex);\r
61     if(repSequence!=null\r
62        && repSequence.getHiddenSequences()==null\r
63        && alignmentIndex>0)\r
64       repSequence = alignment.getSequenceAt(alignmentIndex-1);\r
65 \r
66     if(repSequence!=null\r
67        && repSequence.getHiddenSequences()==null)\r
68       repSequence = null;\r
69 \r
70     int start = adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex-1);\r
71     int end = adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex);\r
72 \r
73     for(int index = end; index > start; index--)\r
74     {\r
75       SequenceI seq =  (SequenceI)hiddenSequences.remove(new Integer(\r
76           index));\r
77 \r
78       if(seq!=null)\r
79       {\r
80         alignment.getSequences().insertElementAt(seq, alignmentIndex);\r
81         if(repSequence!=null)\r
82         {\r
83           repSequence.showHiddenSequence(seq);\r
84         }\r
85       }\r
86     }\r
87   }\r
88 \r
89   public SequenceI getHiddenSequence(int alignmentIndex)\r
90   {\r
91     return (SequenceI)hiddenSequences.get(new Integer(alignmentIndex));\r
92   }\r
93 \r
94   public int findIndexWithoutHiddenSeqs(int alignmentIndex)\r
95   {\r
96     int index = 0;\r
97     int hiddenSeqs = 0;\r
98     while(index <= alignmentIndex)\r
99     {\r
100      if(hiddenSequences.containsKey(new Integer(index)))\r
101      {\r
102        hiddenSeqs ++;\r
103      }\r
104       index ++;\r
105     };\r
106 \r
107     return (alignmentIndex - hiddenSeqs) ;\r
108   }\r
109 \r
110   public int adjustForHiddenSeqs(int alignmentIndex)\r
111   {\r
112     int index = 0;\r
113     while(index <= alignmentIndex)\r
114     {\r
115      if(hiddenSequences.containsKey(new Integer(index)))\r
116      {\r
117        alignmentIndex ++;\r
118      }\r
119       index ++;\r
120     };\r
121 \r
122     return alignmentIndex ;\r
123   }\r
124 }\r