src/jalview/datamodel/HiddenSequences.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.datamodel;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 public class HiddenSequences\r
  25 {\r
  26   Hashtable hiddenSequences;\r
  27   AlignmentI alignment;\r
  28 \r
  29   public HiddenSequences(AlignmentI al)\r
  30   {\r
  31     alignment = al;\r
  32   }\r
  33 \r
  34   public int getSize()\r
  35   {\r
  36     return hiddenSequences == null ? 0 : hiddenSequences.size();\r
  37   }\r
  38 \r
  39   public void hideSequence(SequenceI sequence)\r
  40   {\r
  41     if(hiddenSequences==null)\r
  42       hiddenSequences = new Hashtable();\r
  43 \r
  44     int alignmentIndex = alignment.findIndex(sequence);\r
  45     alignmentIndex = adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex);\r
  46 \r
  47     hiddenSequences.put(new Integer(alignmentIndex), sequence);\r
  48 \r
  49     alignment.deleteSequence(sequence);\r
  50   }\r
  51 \r
  52   public void showAll()\r
  53   {\r
  54    for(int i=0; i<alignment.getHeight()+hiddenSequences.size(); i++)\r
  55      showSequence(i);\r
  56   }\r
  57 \r
  58   public void showSequence(int alignmentIndex)\r
  59   {\r
  60     SequenceI repSequence = alignment.getSequenceAt(alignmentIndex);\r
  61     if(repSequence!=null\r
  62        && repSequence.getHiddenSequences()==null\r
  63        && alignmentIndex>0)\r
  64       repSequence = alignment.getSequenceAt(alignmentIndex-1);\r
  65 \r
  66     if(repSequence!=null\r
  67        && repSequence.getHiddenSequences()==null)\r
  68       repSequence = null;\r
  69 \r
  70     int start = adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex-1);\r
  71     int end = adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex);\r
  72 \r
  73     for(int index = end; index > start; index--)\r
  74     {\r
  75       SequenceI seq =  (SequenceI)hiddenSequences.remove(new Integer(\r
  76           index));\r
  77 \r
  78       if(seq!=null)\r
  79       {\r
  80         alignment.getSequences().insertElementAt(seq, alignmentIndex);\r
  81         if(repSequence!=null)\r
  82         {\r
  83           repSequence.showHiddenSequence(seq);\r
  84         }\r
  85       }\r
  86     }\r
  87   }\r
  88 \r
  89   public SequenceI getHiddenSequence(int alignmentIndex)\r
  90   {\r
  91     return (SequenceI)hiddenSequences.get(new Integer(alignmentIndex));\r
  92   }\r
  93 \r
  94   public int findIndexWithoutHiddenSeqs(int alignmentIndex)\r
  95   {\r
  96     int index = 0;\r
  97     int hiddenSeqs = 0;\r
  98     while(index <= alignmentIndex)\r
  99     {\r
 100      if(hiddenSequences.containsKey(new Integer(index)))\r
 101      {\r
 102        hiddenSeqs ++;\r
 103      }\r
 104       index ++;\r
 105     };\r
 106 \r
 107     return (alignmentIndex - hiddenSeqs) ;\r
 108   }\r
 109 \r
 110   public int adjustForHiddenSeqs(int alignmentIndex)\r
 111   {\r
 112     int index = 0;\r
 113     while(index <= alignmentIndex)\r
 114     {\r
 115      if(hiddenSequences.containsKey(new Integer(index)))\r
 116      {\r
 117        alignmentIndex ++;\r
 118      }\r
 119       index ++;\r
 120     };\r
 121 \r
 122     return alignmentIndex ;\r
 123   }\r
 124 }\r