src/jalview/datamodel/MappingType.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 /**
  24  * An enumeration of the kinds of mapping (from nucleotide or peptide, to
  25  * nucleotide or peptide), and the corresponding word lengths
  26  */
  27 public enum MappingType
  28 {
  29   NucleotideToPeptide(3, 1)
  30   {
  31     @Override
  32     public MappingType getInverse()
  33     {
  34       return PeptideToNucleotide;
  35     }
  36   },
  37   PeptideToNucleotide(1, 3)
  38   {
  39     @Override
  40     public MappingType getInverse()
  41     {
  42       return NucleotideToPeptide;
  43     }
  44   },
  45   NucleotideToNucleotide(1, 1)
  46   {
  47     @Override
  48     public MappingType getInverse()
  49     {
  50       return NucleotideToNucleotide;
  51     }
  52   },
  53   PeptideToPeptide(1, 1)
  54   {
  55     @Override
  56     public MappingType getInverse()
  57     {
  58       return PeptideToPeptide;
  59     }
  60   },PeptideToThreeDi(1,1) {
  61     @Override
  62     public MappingType getInverse()
  63     {
  64       return ThreeDiToPeptide;
  65     };
  66   },ThreeDiToPeptide(1,1) {
  67     @Override
  68     public MappingType getInverse()
  69     {
  70       return ThreeDiToPeptide;
  71     };
  72   };
  73   private int fromRatio;
  74
  75   private int toRatio;
  76
  77   private MappingType(int fromSize, int toSize)
  78   {
  79     fromRatio = fromSize;
  80     toRatio = toSize;
  81   }
  82
  83   public abstract MappingType getInverse();
  84
  85   public int getFromRatio()
  86   {
  87     return fromRatio;
  88   }
  89
  90   public int getToRatio()
  91   {
  92     return toRatio;
  93   }
  94 }