JAL-3541 removed clover report generation debug flag (utf-8 encoding enforcement...
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / ProfileI.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 public interface ProfileI
24 {
25
26   /**
27    * Set the full profile of counts
28    * 
29    * @param residueCounts
30    */
31   public abstract void setCounts(ResidueCount residueCounts);
32
33   /**
34    * Returns the percentage identity of the profile, i.e. the highest proportion
35    * of conserved (equal) symbols. The percentage is as a fraction of all
36    * sequences, or only ungapped sequences if flag ignoreGaps is set true.
37    * 
38    * @param ignoreGaps
39    * @return
40    */
41   public abstract float getPercentageIdentity(boolean ignoreGaps);
42
43   /**
44    * Returns the full symbol counts for this profile
45    * 
46    * @return
47    */
48   public abstract ResidueCount getCounts();
49
50   /**
51    * Returns the number of sequences in the profile
52    * 
53    * @return
54    */
55   public abstract int getHeight();
56
57   /**
58    * Returns the number of sequences in the profile which had a gap character
59    * (or were too short to be included in this column's profile)
60    * 
61    * @return
62    */
63   public abstract int getGapped();
64
65   /**
66    * Returns the highest count for any symbol(s) in the profile
67    * 
68    * @return
69    */
70   public abstract int getMaxCount();
71
72   /**
73    * Returns the symbol (or concatenated symbols) which have the highest count
74    * in the profile, or an empty string if there were no symbols counted
75    * 
76    * @return
77    */
78   public abstract String getModalResidue();
79
80   /**
81    * Answers the number of non-gapped sequences in the profile
82    * 
83    * @return
84    */
85   public abstract int getNonGapped();
86
87 }