JAL-3541 removed clover report generation debug flag (utf-8 encoding enforcement...
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / Profiles.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
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8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 public class Profiles implements ProfilesI
24 {
25
26   private ProfileI[] profiles;
27
28   public Profiles(ProfileI[] p)
29   {
30     profiles = p;
31   }
32
33   /**
34    * Returns the profile for the given column, or null if none found
35    * 
36    * @param col
37    */
38   @Override
39   public ProfileI get(int col)
40   {
41     return profiles != null && col >= 0 && col < profiles.length
42             ? profiles[col]
43             : null;
44   }
45
46   /**
47    * Returns the first column (base 0) covered by the profiles
48    */
49   @Override
50   public int getStartColumn()
51   {
52     return 0;
53   }
54
55   /**
56    * Returns the last column (base 0) covered by the profiles
57    */
58   @Override
59   public int getEndColumn()
60   {
61     return profiles == null ? 0 : profiles.length - 1;
62   }
63
64 }