JAL-3541 removed clover report generation debug flag (utf-8 encoding enforcement...
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / RangeElementsIterator.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
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11  *  
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14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 import java.util.Iterator;
24 import java.util.NoSuchElementException;
25
26 /**
27  * Iterator over each element in a set of ranges i.e. if ranges is {[3,6],
28  * [12,15]} it will iterate over {3,4,5,6,12,13,14,15}. Uses a local copy of the
29  * set of ranges.
30  * 
31  * @author kmourao
32  *
33  */
34 public class RangeElementsIterator implements Iterator<Integer>
35 {
36   private int last;
37
38   private int current;
39
40   private int next;
41
42   private Iterator<int[]> rangeIterator;
43
44   private int[] nextRange = null;
45
46   RangeElementsIterator(Iterator<int[]> it)
47   {
48     rangeIterator = it;
49     if (rangeIterator.hasNext())
50     {
51       nextRange = rangeIterator.next();
52       next = nextRange[0];
53       last = nextRange[1];
54     }
55   }
56
57   @Override
58   public boolean hasNext()
59   {
60     return rangeIterator.hasNext() || next <= last;
61   }
62
63   @Override
64   public Integer next()
65   {
66     if (!hasNext())
67     {
68       throw new NoSuchElementException();
69     }
70
71     current = next;
72
73     // recalculate next
74     next++;
75
76     // if there are more ranges need to check if next is in a range
77     checkNextRange();
78     return current;
79   }
80
81   /**
82    * Check how next position relates to next range, and update next position if
83    * necessary
84    */
85   private void checkNextRange()
86   {
87     if (nextRange != null && next > nextRange[1])
88     {
89       if (rangeIterator.hasNext())
90       {
91         nextRange = rangeIterator.next();
92         next = nextRange[0];
93         last = nextRange[1];
94       }
95       else
96       {
97         nextRange = null;
98       }
99
100     }
101   }
102
103   @Override
104   public void remove()
105   {
106     throw new UnsupportedOperationException();
107   }
108 }