src/jalview/datamodel/RangeIterator.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.Iterator;
  25 import java.util.List;
  26
  27 /**
  28  * An iterator which iterates over a list of ranges. Works with a copy of the
  29  * collection of ranges.
  30  */
  31 public class RangeIterator implements Iterator<int[]>
  32 {
  33   // current index in rangeList
  34   private int currentPosition = 0;
  35
  36   // current range in rangeList
  37   private int[] currentRange;
  38
  39   // local copy or reference to rangeList
  40   private List<int[]> localRanges;
  41
  42   /**
  43    * Unbounded constructor
  44    *
  45    * @param rangeList
  46    *          list of ranges to iterate over
  47    */
  48   RangeIterator(List<int[]> rangeList)
  49   {
  50     if (!rangeList.isEmpty())
  51     {
  52       int last = rangeList.get(rangeList.size() - 1)[1];
  53       init(0, last, rangeList);
  54     }
  55     else
  56     {
  57       init(0, 0, rangeList);
  58     }
  59   }
  60
  61   /**
  62    * Construct an iterator over rangeList bounded at [lowerBound,upperBound]
  63    *
  64    * @param lowerBound
  65    *          lower bound to iterate from
  66    * @param upperBound
  67    *          upper bound to iterate to
  68    * @param rangeList
  69    *          list of ranges to iterate over
  70    */
  71   RangeIterator(int lowerBound, int upperBound,
  72           List<int[]> rangeList)
  73   {
  74     init(lowerBound, upperBound, rangeList);
  75   }
  76
  77   /**
  78    * Construct an iterator over rangeList bounded at [lowerBound,upperBound]
  79    *
  80    * @param lowerBound
  81    *          lower bound to iterate from
  82    * @param upperBound
  83    *          upper bound to iterate to
  84    */
  85   private void init(int lowerBound, int upperBound,
  86           List<int[]> rangeList)
  87   {
  88     int start = lowerBound;
  89     int end = upperBound;
  90
  91     if (rangeList != null)
  92     {
  93       localRanges = new ArrayList<>();
  94
  95       // iterate until a range overlaps with [start,end]
  96       int i = 0;
  97       while ((i < rangeList.size()) && (rangeList.get(i)[1] < start))
  98       {
  99         i++;
 100       }
 101
 102       // iterate from start to end, adding each range. Positions are
 103       // absolute, and all ranges which *overlap* [start,end] are added.
 104       while (i < rangeList.size() && (rangeList.get(i)[0] <= end))
 105       {
 106         int[] rh = rangeList.get(i);
 107         int[] cp = new int[2];
 108         System.arraycopy(rh, 0, cp, 0, rh.length);
 109         localRanges.add(cp);
 110         i++;
 111       }
 112     }
 113   }
 114
 115   @Override
 116   public boolean hasNext()
 117   {
 118     return (localRanges != null) && (currentPosition < localRanges.size());
 119   }
 120
 121   @Override
 122   public int[] next()
 123   {
 124     currentRange = localRanges.get(currentPosition);
 125     currentPosition++;
 126     return currentRange;
 127   }
 128
 129   @Override
 130   public void remove()
 131   {
 132     localRanges.remove(--currentPosition);
 133   }
 134 }