src/jalview/datamodel/SearchResults.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 public class SearchResults
  22 {
  23
  24   Match [] matches;
  25
  26     /**
  27      * This method replaces the old search results which merely
  28      * held an alignment index of search matches. This broke
  29      * when sequences were moved around the alignment
  30      * @param seq Sequence
  31      * @param start int
  32      * @param end int
  33      */
  34   public void addResult(SequenceI seq, int start, int end)
  35   {
  36     if(matches == null)
  37     {
  38       matches = new Match[]{new Match(seq, start, end)};
  39       return;
  40     }
  41
  42     int mSize = matches.length;
  43
  44     Match [] tmp = new Match[mSize+1];
  45     int m;
  46     for(m=0; m<mSize; m++)
  47     {
  48       tmp[m] = matches[m];
  49     }
  50
  51     tmp[m] = new Match(seq, start, end);
  52
  53     matches = tmp;
  54   }
  55
  56   /**
  57   * This Method returns the search matches which lie between the
  58   * start and end points of the sequence in question. It is
  59   * optimised for returning objects for drawing on SequenceCanvas
  60   */
  61   public int [] getResults(SequenceI sequence, int start, int end)
  62   {
  63     if(matches==null)
  64       return null;
  65
  66     int [] result = null;
  67     int [] tmp = null;
  68     int resultLength;
  69
  70     for(int m=0; m<matches.length; m++)
  71     {
  72       if( matches[m].sequence == sequence )
  73       {
  74         int matchStart = matches[m].sequence.findIndex( matches[m].start ) - 1;
  75         int matchEnd = matches[m].sequence.findIndex( matches[m].end ) - 1;
  76
  77         if(matchStart<=end && matchEnd>=start)
  78         {
  79           if(matchStart<start)
  80             matchStart = start;
  81
  82           if(matchEnd>end)
  83             matchEnd = end;
  84
  85
  86           if(result==null)
  87             result = new int[]{matchStart, matchEnd};
  88           else
  89           {
  90             resultLength = result.length;
  91             tmp = new int[resultLength+2];
  92             System.arraycopy(result,0,tmp,0,resultLength);
  93             result = tmp;
  94             result[resultLength] = matchStart;
  95             result[resultLength+1] = matchEnd;
  96           }
  97         }
  98       }
  99     }
 100     return result;
 101   }
 102
 103   public int getSize()
 104   {
 105     return matches==null ? 0 : matches.length;
 106   }
 107
 108   public SequenceI getResultSequence(int index)
 109   {    return matches[index].sequence;  }
 110
 111   public int getResultStart(int index)
 112   {    return matches[index].start;  }
 113
 114   public int getResultEnd(int index)
 115   {    return matches[index].end;  }
 116
 117   class Match
 118   {
 119     SequenceI sequence;
 120     int start;
 121     int end;
 122
 123     public Match(SequenceI seq, int start, int end)
 124     {
 125      sequence = seq;
 126      this.start = start;
 127      this.end = end;
 128     }
 129   }
 130 }