src/jalview/datamodel/SearchResults.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 public class SearchResults
  24 {
  25
  26   Match[] matches;
  27
  28   /**
  29    * This method replaces the old search results which merely held an alignment
  30    * index of search matches. This broke when sequences were moved around the
  31    * alignment
  32    *
  33    * @param seq
  34    *          Sequence
  35    * @param start
  36    *          int
  37    * @param end
  38    *          int
  39    */
  40   public void addResult(SequenceI seq, int start, int end)
  41   {
  42     if (matches == null)
  43     {
  44       matches = new Match[]
  45       { new Match(seq, start, end) };
  46       return;
  47     }
  48
  49     int mSize = matches.length;
  50
  51     Match[] tmp = new Match[mSize + 1];
  52     int m;
  53     for (m = 0; m < mSize; m++)
  54     {
  55       tmp[m] = matches[m];
  56     }
  57
  58     tmp[m] = new Match(seq, start, end);
  59
  60     matches = tmp;
  61   }
  62
  63   /**
  64    * Quickly check if the given sequence is referred to in the search results
  65    *
  66    * @param sequence
  67    *          (specific alignment sequence or a dataset sequence)
  68    * @return true if the results involve sequence
  69    */
  70   public boolean involvesSequence(SequenceI sequence)
  71   {
  72     if (matches == null || matches.length == 0)
  73     {
  74       return false;
  75     }
  76     SequenceI ds = sequence.getDatasetSequence();
  77     for (int m = 0; m < matches.length; m++)
  78     {
  79       if (matches[m].sequence != null
  80               && (matches[m].sequence == sequence || matches[m].sequence == ds))
  81       {
  82         return true;
  83       }
  84     }
  85     return false;
  86   }
  87
  88   /**
  89    * This Method returns the search matches which lie between the start and end
  90    * points of the sequence in question. It is optimised for returning objects
  91    * for drawing on SequenceCanvas
  92    */
  93   public int[] getResults(SequenceI sequence, int start, int end)
  94   {
  95     if (matches == null)
  96     {
  97       return null;
  98     }
  99
 100     int[] result = null;
 101     int[] tmp = null;
 102     int resultLength, matchStart = 0, matchEnd = 0;
 103     boolean mfound;
 104     for (int m = 0; m < matches.length; m++)
 105     {
 106       mfound = false;
 107       if (matches[m].sequence == sequence)
 108       {
 109         mfound = true;
 110         // locate aligned position
 111         matchStart = sequence.findIndex(matches[m].start) - 1;
 112         matchEnd = sequence.findIndex(matches[m].end) - 1;
 113       }
 114       else if (matches[m].sequence == sequence.getDatasetSequence())
 115       {
 116         mfound = true;
 117         // locate region in local context
 118         matchStart = sequence.findIndex(matches[m].start) - 1;
 119         matchEnd = sequence.findIndex(matches[m].end) - 1;
 120       }
 121       if (mfound)
 122       {
 123         if (matchStart <= end && matchEnd >= start)
 124         {
 125           if (matchStart < start)
 126           {
 127             matchStart = start;
 128           }
 129
 130           if (matchEnd > end)
 131           {
 132             matchEnd = end;
 133           }
 134
 135           if (result == null)
 136           {
 137             result = new int[]
 138             { matchStart, matchEnd };
 139           }
 140           else
 141           {
 142             resultLength = result.length;
 143             tmp = new int[resultLength + 2];
 144             System.arraycopy(result, 0, tmp, 0, resultLength);
 145             result = tmp;
 146             result[resultLength] = matchStart;
 147             result[resultLength + 1] = matchEnd;
 148           }
 149         }
 150         else
 151         {
 152           // debug
 153           // System.err.println("Outwith bounds!" + matchStart+">"+end +"  or "
 154           // + matchEnd+"<"+start);
 155         }
 156       }
 157     }
 158     return result;
 159   }
 160
 161   public int getSize()
 162   {
 163     return matches == null ? 0 : matches.length;
 164   }
 165
 166   public SequenceI getResultSequence(int index)
 167   {
 168     return matches[index].sequence;
 169   }
 170
 171   public int getResultStart(int index)
 172   {
 173     return matches[index].start;
 174   }
 175
 176   public int getResultEnd(int index)
 177   {
 178     return matches[index].end;
 179   }
 180
 181   class Match
 182   {
 183     SequenceI sequence;
 184
 185     int start;
 186
 187     int end;
 188
 189     public Match(SequenceI seq, int start, int end)
 190     {
 191       sequence = seq;
 192       this.start = start;
 193       this.end = end;
 194     }
 195   }
 196 }