src/jalview/datamodel/SearchResults.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 public class SearchResults
  22 {
  23
  24   Match[] matches;
  25
  26   /**
  27    * This method replaces the old search results which merely held an alignment
  28    * index of search matches. This broke when sequences were moved around the
  29    * alignment
  30    *
  31    * @param seq
  32    *                Sequence
  33    * @param start
  34    *                int
  35    * @param end
  36    *                int
  37    */
  38   public void addResult(SequenceI seq, int start, int end)
  39   {
  40     if (matches == null)
  41     {
  42       matches = new Match[]
  43       { new Match(seq, start, end) };
  44       return;
  45     }
  46
  47     int mSize = matches.length;
  48
  49     Match[] tmp = new Match[mSize + 1];
  50     int m;
  51     for (m = 0; m < mSize; m++)
  52     {
  53       tmp[m] = matches[m];
  54     }
  55
  56     tmp[m] = new Match(seq, start, end);
  57
  58     matches = tmp;
  59   }
  60
  61   /**
  62    * This Method returns the search matches which lie between the start and end
  63    * points of the sequence in question. It is optimised for returning objects
  64    * for drawing on SequenceCanvas
  65    */
  66   public int[] getResults(SequenceI sequence, int start, int end)
  67   {
  68     if (matches == null)
  69     {
  70       return null;
  71     }
  72
  73     int[] result = null;
  74     int[] tmp = null;
  75     int resultLength, matchStart = 0, matchEnd = 0;
  76     boolean mfound;
  77     for (int m = 0; m < matches.length; m++)
  78     {
  79       mfound = false;
  80       if (matches[m].sequence == sequence)
  81       {
  82         mfound = true;
  83         // locate aligned position
  84         matchStart = sequence.findIndex(matches[m].start) - 1;
  85         matchEnd = sequence.findIndex(matches[m].end) - 1;
  86       }
  87       else if (matches[m].sequence == sequence.getDatasetSequence())
  88       {
  89         mfound = true;
  90         // locate region in local context
  91         matchStart = sequence.findIndex(matches[m].start) - 1;
  92         matchEnd = sequence.findIndex(matches[m].end) - 1;
  93       }
  94       if (mfound)
  95       {
  96         if (matchStart <= end && matchEnd >= start)
  97         {
  98           if (matchStart < start)
  99           {
 100             matchStart = start;
 101           }
 102
 103           if (matchEnd > end)
 104           {
 105             matchEnd = end;
 106           }
 107
 108           if (result == null)
 109           {
 110             result = new int[]
 111             { matchStart, matchEnd };
 112           }
 113           else
 114           {
 115             resultLength = result.length;
 116             tmp = new int[resultLength + 2];
 117             System.arraycopy(result, 0, tmp, 0, resultLength);
 118             result = tmp;
 119             result[resultLength] = matchStart;
 120             result[resultLength + 1] = matchEnd;
 121           }
 122         }
 123       }
 124     }
 125     return result;
 126   }
 127
 128   public int getSize()
 129   {
 130     return matches == null ? 0 : matches.length;
 131   }
 132
 133   public SequenceI getResultSequence(int index)
 134   {
 135     return matches[index].sequence;
 136   }
 137
 138   public int getResultStart(int index)
 139   {
 140     return matches[index].start;
 141   }
 142
 143   public int getResultEnd(int index)
 144   {
 145     return matches[index].end;
 146   }
 147
 148   class Match
 149   {
 150     SequenceI sequence;
 151
 152     int start;
 153
 154     int end;
 155
 156     public Match(SequenceI seq, int start, int end)
 157     {
 158       sequence = seq;
 159       this.start = start;
 160       this.end = end;
 161     }
 162   }
 163 }