src/jalview/datamodel/SearchResults.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 public class SearchResults\r
  22 {\r
  23 \r
  24   Match[] matches;\r
  25 \r
  26   /**\r
  27    * This method replaces the old search results which merely\r
  28    * held an alignment index of search matches. This broke\r
  29    * when sequences were moved around the alignment\r
  30    * @param seq Sequence\r
  31    * @param start int\r
  32    * @param end int\r
  33    */\r
  34   public void addResult(SequenceI seq, int start, int end)\r
  35   {\r
  36     if (matches == null)\r
  37     {\r
  38       matches = new Match[]\r
  39           {\r
  40           new Match(seq, start, end)};\r
  41       return;\r
  42     }\r
  43 \r
  44     int mSize = matches.length;\r
  45 \r
  46     Match[] tmp = new Match[mSize + 1];\r
  47     int m;\r
  48     for (m = 0; m < mSize; m++)\r
  49     {\r
  50       tmp[m] = matches[m];\r
  51     }\r
  52 \r
  53     tmp[m] = new Match(seq, start, end);\r
  54 \r
  55     matches = tmp;\r
  56   }\r
  57 \r
  58   /**\r
  59    * This Method returns the search matches which lie between the\r
  60    * start and end points of the sequence in question. It is\r
  61    * optimised for returning objects for drawing on SequenceCanvas\r
  62    */\r
  63   public int[] getResults(SequenceI sequence, int start, int end)\r
  64   {\r
  65     if (matches == null)\r
  66     {\r
  67       return null;\r
  68     }\r
  69 \r
  70     int[] result = null;\r
  71     int[] tmp = null;\r
  72     int resultLength;\r
  73 \r
  74     for (int m = 0; m < matches.length; m++)\r
  75     {\r
  76       if (matches[m].sequence == sequence)\r
  77       {\r
  78         int matchStart = matches[m].sequence.findIndex(matches[m].start) - 1;\r
  79         int matchEnd = matches[m].sequence.findIndex(matches[m].end) - 1;\r
  80 \r
  81         if (matchStart <= end && matchEnd >= start)\r
  82         {\r
  83           if (matchStart < start)\r
  84           {\r
  85             matchStart = start;\r
  86           }\r
  87 \r
  88           if (matchEnd > end)\r
  89           {\r
  90             matchEnd = end;\r
  91           }\r
  92 \r
  93           if (result == null)\r
  94           {\r
  95             result = new int[]\r
  96                 {\r
  97                 matchStart, matchEnd};\r
  98           }\r
  99           else\r
 100           {\r
 101             resultLength = result.length;\r
 102             tmp = new int[resultLength + 2];\r
 103             System.arraycopy(result, 0, tmp, 0, resultLength);\r
 104             result = tmp;\r
 105             result[resultLength] = matchStart;\r
 106             result[resultLength + 1] = matchEnd;\r
 107           }\r
 108         }\r
 109       }\r
 110     }\r
 111     return result;\r
 112   }\r
 113 \r
 114   public int getSize()\r
 115   {\r
 116     return matches == null ? 0 : matches.length;\r
 117   }\r
 118 \r
 119   public SequenceI getResultSequence(int index)\r
 120   {\r
 121     return matches[index].sequence;\r
 122   }\r
 123 \r
 124   public int getResultStart(int index)\r
 125   {\r
 126     return matches[index].start;\r
 127   }\r
 128 \r
 129   public int getResultEnd(int index)\r
 130   {\r
 131     return matches[index].end;\r
 132   }\r
 133 \r
 134   class Match\r
 135   {\r
 136     SequenceI sequence;\r
 137     int start;\r
 138     int end;\r
 139 \r
 140     public Match(SequenceI seq, int start, int end)\r
 141     {\r
 142       sequence = seq;\r
 143       this.start = start;\r
 144       this.end = end;\r
 145     }\r
 146   }\r
 147 }\r