src/jalview/datamodel/SearchResultsI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import java.util.BitSet;
  24 import java.util.List;
  25
  26 /**
  27  * An interface describing the result of a search or other operation which
  28  * highlights matched regions of an alignment
  29  */
  30 public interface SearchResultsI
  31 {
  32
  33   /**
  34    * Adds one region to the results
  35    *
  36    * @param seq
  37    *          Sequence
  38    * @param start
  39    *          int
  40    * @param end
  41    *          int
  42    * @return
  43    */
  44   SearchResultMatchI addResult(SequenceI seq, int start, int end);
  45
  46   /**
  47    * Answers true if the search results include the given sequence (or its
  48    * dataset sequence), else false
  49    *
  50    * @param sequence
  51    * @return
  52    */
  53   boolean involvesSequence(SequenceI sequence);
  54
  55   /**
  56    * Returns an array of [from, to, from, to..] matched columns (base 0) between
  57    * the given start and end columns of the given sequence. Returns null if no
  58    * matches overlap the specified region.
  59    * <p>
  60    * Implementations should provide an optimised method to return locations to
  61    * highlight on a visible portion of an alignment.
  62    *
  63    * @param sequence
  64    * @param start
  65    *          first column of range (base 0, inclusive)
  66    * @param end
  67    *          last column of range base 0, inclusive)
  68    * @return int[]
  69    */
  70   int[] getResults(SequenceI sequence, int start, int end);
  71
  72   /**
  73    * Returns the number of matches found
  74    *
  75    * @return
  76    */
  77   int getSize();
  78
  79   /**
  80    * Returns true if no search result matches are held.
  81    *
  82    * @return
  83    */
  84   boolean isEmpty();
  85
  86   /**
  87    * Returns the list of matches.
  88    *
  89    * @return
  90    */
  91   List<SearchResultMatchI> getResults();
  92
  93   /**
  94    * Set bits in a bitfield for all columns in the given sequence collection
  95    * that are highlighted
  96    *
  97    * @param sqcol
  98    *          the set of sequences to search for highlighted regions
  99    * @param bs
 100    *          bitset to set
 101    * @return number of bits set
 102    */
 103   int markColumns(SequenceCollectionI sqcol, BitSet bs);
 104 }