JAL-2788 possible adjustments to sequence accesses
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / SecondaryStructureAnnotation.java
1 /*
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16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
24
25 public class SecondaryStructureAnnotation extends AlignmentAnnotation
26 {
27
28   private static RNA _rna = null;
29
30   public SecondaryStructureAnnotation(RNA rna)
31   {
32     super("Secondary Structure", "Un truc trop cool", getAnnotation(rna));
33
34     _rna = rna;
35   }
36
37   public RNA getRNA()
38   {
39     return _rna;
40   }
41
42   public static Annotation[] getAnnotation(RNA rna)
43   {
44     Annotation[] ann = new Annotation[rna.getSize()];
45     for (int i = 0; i < ann.length; i++)
46     {
47       ann[i] = new Annotation(_rna.getStructDBN(true), "", ' ', 0f);
48       ;
49     }
50     return ann;
51   }
52 }