src/jalview/datamodel/SecondaryStructureAnnotation.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  24
  25 public class SecondaryStructureAnnotation extends AlignmentAnnotation
  26 {
  27
  28   private static RNA _rna = null;
  29
  30   public SecondaryStructureAnnotation(RNA rna)
  31   {
  32     super("Secondary Structure", "Un truc trop cool", getAnnotation(rna));
  33
  34     _rna = rna;
  35   }
  36
  37   public RNA getRNA()
  38   {
  39     return _rna;
  40   }
  41
  42   public static Annotation[] getAnnotation(RNA rna)
  43   {
  44     Annotation[] ann = new Annotation[rna.getSize()];
  45     for (int i = 0; i < ann.length; i++)
  46     {
  47       ann[i] = new Annotation(_rna.getStructDBN(true), "", ' ', 0f);
  48       ;
  49     }
  50     return ann;
  51   }
  52 }