src/jalview/datamodel/SeqDistanceContactMatrix.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 /**
   4  * Dummy contact matrix based on sequence distance
   5  *
   6  * @author jprocter
   7  *
   8  */
   9 public class SeqDistanceContactMatrix implements ContactMatrixI
  10 {
  11   private int width = 0;
  12
  13   public SeqDistanceContactMatrix(int width)
  14   {
  15     this.width = width;
  16   }
  17   @Override
  18   public ContactListI getContactList(final int column)
  19   {
  20     if (column < 0 || column >= width)
  21     {
  22       return null;
  23     }
  24     return new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  25     {
  26
  27       int p = column;
  28
  29       // @Override
  30       // public Color getColorForScore(int column)
  31       // {
  32       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(Math.abs(column-p),
  33       // 0, Color.white, width, Color.magenta);
  34       // }
  35       // @Override
  36       // public Color getColorForRange(int from_column, int to_column)
  37       // {
  38       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(
  39       // Math.abs(to_column + from_column - 2 * p) / 2, 0, Color.white, width,
  40       // Color.magenta);
  41       // }
  42
  43       @Override
  44       public int getContactHeight()
  45       {
  46         return width;
  47
  48       }
  49
  50       @Override
  51       public double getContactAt(int column)
  52       {
  53         return Math.abs(column - p);
  54       }
  55     });
  56   }
  57
  58 }