src/jalview/datamodel/SeqDistanceContactMatrix.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 /**
   4  * Dummy contact matrix based on sequence distance
   5  *
   6  * @author jprocter
   7  *
   8  */
   9 public class SeqDistanceContactMatrix implements ContactMatrixI
  10 {
  11   private static final String SEQUENCE_DISTANCE = "SEQUENCE_DISTANCE";
  12   private int width = 0;
  13
  14   public SeqDistanceContactMatrix(int width)
  15   {
  16     this.width = width;
  17   }
  18
  19   @Override
  20   public float getMin()
  21   {
  22     return 0f;
  23   }
  24
  25   @Override
  26   public float getMax()
  27   {
  28     return width;
  29   }
  30
  31   @Override
  32   public ContactListI getContactList(final int column)
  33   {
  34     if (column < 0 || column >= width)
  35     {
  36       return null;
  37     }
  38     return new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  39     {
  40
  41       int p = column;
  42
  43       // @Override
  44       // public Color getColorForScore(int column)
  45       // {
  46       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(Math.abs(column-p),
  47       // 0, Color.white, width, Color.magenta);
  48       // }
  49       // @Override
  50       // public Color getColorForRange(int from_column, int to_column)
  51       // {
  52       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(
  53       // Math.abs(to_column + from_column - 2 * p) / 2, 0, Color.white, width,
  54       // Color.magenta);
  55       // }
  56
  57       @Override
  58       public int getContactHeight()
  59       {
  60         return width;
  61
  62       }
  63
  64       @Override
  65       public int getPosition()
  66       {
  67         return p;
  68       }
  69
  70       @Override
  71       public double getContactAt(int column)
  72       {
  73         return Math.abs(column - p);
  74       }
  75     });
  76   }
  77
  78   @Override
  79   public boolean hasReferenceSeq()
  80   {
  81     // TODO Auto-generated method stub
  82     return false;
  83   }
  84
  85   @Override
  86   public SequenceI getReferenceSeq()
  87   {
  88     // TODO Auto-generated method stub
  89     return null;
  90   }
  91
  92   @Override
  93   public String getAnnotDescr()
  94   {
  95     return "Sequence distance matrix";
  96   }
  97
  98   @Override
  99   public String getAnnotLabel()
 100   {
 101     return "Sequence Distance";
 102   }
 103
 104   @Override
 105   public String getType()
 106   {
 107     return SEQUENCE_DISTANCE;
 108   }
 109
 110   @Override
 111   public int getWidth()
 112   {
 113     return width;
 114   }
 115
 116   @Override
 117   public int getHeight()
 118   {
 119     return width;
 120   }
 121 }