src/jalview/datamodel/SeqDistanceContactMatrix.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 /**
   4  * Dummy contact matrix based on sequence distance
   5  *
   6  * @author jprocter
   7  *
   8  */
   9 public class SeqDistanceContactMatrix implements ContactMatrixI
  10 {
  11   private static final String SEQUENCE_DISTANCE = "SEQUENCE_DISTANCE";
  12
  13   private int width = 0;
  14
  15   public SeqDistanceContactMatrix(int width)
  16   {
  17     this.width = width;
  18   }
  19
  20   @Override
  21   public float getMin()
  22   {
  23     return 0f;
  24   }
  25
  26   @Override
  27   public float getMax()
  28   {
  29     return width;
  30   }
  31
  32   @Override
  33   public ContactListI getContactList(final int column)
  34   {
  35     if (column < 0 || column >= width)
  36     {
  37       return null;
  38     }
  39     return new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  40     {
  41
  42       int p = column;
  43
  44       // @Override
  45       // public Color getColorForScore(int column)
  46       // {
  47       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(Math.abs(column-p),
  48       // 0, Color.white, width, Color.magenta);
  49       // }
  50       // @Override
  51       // public Color getColorForRange(int from_column, int to_column)
  52       // {
  53       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(
  54       // Math.abs(to_column + from_column - 2 * p) / 2, 0, Color.white, width,
  55       // Color.magenta);
  56       // }
  57
  58       @Override
  59       public int getContactHeight()
  60       {
  61         return width;
  62
  63       }
  64
  65       @Override
  66       public int getPosition()
  67       {
  68         return p;
  69       }
  70
  71       @Override
  72       public double getContactAt(int column)
  73       {
  74         return Math.abs(column - p);
  75       }
  76     });
  77   }
  78
  79   @Override
  80   public boolean hasReferenceSeq()
  81   {
  82     // TODO Auto-generated method stub
  83     return false;
  84   }
  85
  86   @Override
  87   public SequenceI getReferenceSeq()
  88   {
  89     // TODO Auto-generated method stub
  90     return null;
  91   }
  92
  93   @Override
  94   public String getAnnotDescr()
  95   {
  96     return "Sequence distance matrix";
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public String getAnnotLabel()
 101   {
 102     return "Sequence Distance";
 103   }
 104
 105   @Override
 106   public String getType()
 107   {
 108     return SEQUENCE_DISTANCE;
 109   }
 110
 111   @Override
 112   public int getWidth()
 113   {
 114     return width;
 115   }
 116
 117   @Override
 118   public int getHeight()
 119   {
 120     return width;
 121   }
 122 }