src/jalview/datamodel/SeqDistanceContactMatrix.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.awt.Color;
   4
   5 /**
   6  * Dummy contact matrix based on sequence distance
   7  *
   8  * @author jprocter
   9  *
  10  */
  11 public class SeqDistanceContactMatrix implements ContactMatrixI
  12 {
  13   private int width = 0;
  14
  15   public SeqDistanceContactMatrix(int width)
  16   {
  17     this.width = width;
  18   }
  19   @Override
  20   public ContactListI getContactList(final int column)
  21   {
  22     if (column<0 || column >= width)
  23     {
  24       return null;
  25     }
  26     return new ContactListI() {
  27       int p = column;
  28       @Override
  29       public Color getColorForScore(int column)
  30       {
  31         return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(Math.abs(column-p), 0, Color.white, width, Color.magenta);
  32       }
  33       @Override
  34       public Color getColorForRange(int from_column, int to_column)
  35       {
  36         return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(
  37                 Math.abs(to_column + from_column - 2 * p) / 2, 0, Color.white, width,
  38                 Color.magenta);
  39       }
  40
  41       @Override
  42       public int getColumnWidth()
  43       {
  44         return 1;
  45       }
  46       @Override
  47       public int getContactHeight()
  48       {
  49         return width;
  50
  51       }
  52
  53       @Override
  54       public double getContactAt(int column)
  55       {
  56         return Math.abs(column - p);
  57       }
  58     };
  59   }
  60
  61 }