src/jalview/datamodel/SeqDistanceContactMatrix.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.awt.Color;
   4 import java.util.BitSet;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.List;
   7
   8 /**
   9  * Dummy contact matrix based on sequence distance
  10  *
  11  * @author jprocter
  12  *
  13  */
  14 public class SeqDistanceContactMatrix implements ContactMatrixI
  15 {
  16   private static final String SEQUENCE_DISTANCE = "SEQUENCE_DISTANCE";
  17   private int width = 0;
  18
  19   public SeqDistanceContactMatrix(int width)
  20   {
  21     this.width = width;
  22   }
  23
  24   @Override
  25   public float getMin()
  26   {
  27     return 0f;
  28   }
  29
  30   @Override
  31   public float getMax()
  32   {
  33     return width;
  34   }
  35
  36   @Override
  37   public ContactListI getContactList(final int column)
  38   {
  39     if (column < 0 || column >= width)
  40     {
  41       return null;
  42     }
  43     return new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  44     {
  45
  46       int p = column;
  47
  48       // @Override
  49       // public Color getColorForScore(int column)
  50       // {
  51       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(Math.abs(column-p),
  52       // 0, Color.white, width, Color.magenta);
  53       // }
  54       // @Override
  55       // public Color getColorForRange(int from_column, int to_column)
  56       // {
  57       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(
  58       // Math.abs(to_column + from_column - 2 * p) / 2, 0, Color.white, width,
  59       // Color.magenta);
  60       // }
  61
  62       @Override
  63       public int getContactHeight()
  64       {
  65         return width;
  66
  67       }
  68
  69       @Override
  70       public int getPosition()
  71       {
  72         return p;
  73       }
  74
  75       @Override
  76       public double getContactAt(int column)
  77       {
  78         return Math.abs(column - p);
  79       }
  80     });
  81   }
  82
  83   @Override
  84   public boolean hasReferenceSeq()
  85   {
  86     // TODO Auto-generated method stub
  87     return false;
  88   }
  89
  90   @Override
  91   public SequenceI getReferenceSeq()
  92   {
  93     // TODO Auto-generated method stub
  94     return null;
  95   }
  96
  97   @Override
  98   public String getAnnotDescr()
  99   {
 100     return "Sequence distance matrix";
 101   }
 102
 103   @Override
 104   public String getAnnotLabel()
 105   {
 106     return "Sequence Distance";
 107   }
 108
 109   @Override
 110   public String getType()
 111   {
 112     return SEQUENCE_DISTANCE;
 113   }
 114
 115   @Override
 116   public int getWidth()
 117   {
 118     return width;
 119   }
 120
 121   @Override
 122   public int getHeight()
 123   {
 124     return width;
 125   }
 126   private List<BitSet> groups=null;
 127   @Override
 128   public void updateGroups(List<BitSet> colGroups)
 129   {
 130     groups = colGroups;
 131   }
 132   @Override
 133   public boolean hasGroups()
 134   {
 135     return groups!=null;
 136   }
 137   @Override
 138   public List<BitSet> getGroups()
 139   {
 140     return groups;
 141   }
 142
 143   HashMap<BitSet,Color> colorMap = new HashMap<>();
 144   @Override
 145   public Color getColourForGroup(BitSet bs)
 146   {
 147     if (bs==null) {
 148       return Color.white;
 149     }
 150     Color groupCol=colorMap.get(bs);
 151     if (groupCol==null)
 152     {
 153       return Color.white;
 154     }
 155     return groupCol;
 156   }
 157   @Override
 158   public void setColorForGroup(BitSet bs,Color color)
 159   {
 160     colorMap.put(bs,color);
 161   }
 162 }