src/jalview/datamodel/Sequence.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 \r
   4 import java.awt.*;\r
   5 \r
   6 public class Sequence implements SequenceI\r
   7 {\r
   8   protected String   name;\r
   9   protected String   sequence;\r
  10   protected int      start;\r
  11   protected int      end;\r
  12   protected String   description;\r
  13   protected int      charHeight;\r
  14   protected String   displayId;\r
  15   protected Color    color = Color.white;\r
  16 \r
  17   public Sequence(String name, String sequence, int start, int end)\r
  18   {\r
  19 \r
  20     this.name     = name;\r
  21     this.sequence = sequence;\r
  22     this.start    = start;\r
  23     this.end      = end;\r
  24 \r
  25     setDisplayId();\r
  26 \r
  27   }\r
  28 \r
  29   public Sequence(String name,String sequence) {\r
  30     this(name,sequence,1,sequence.length());\r
  31   }\r
  32   public Sequence(SequenceI seq) {\r
  33     this(seq.getName(),seq.getSequence(),seq.getStart(),seq.getEnd());\r
  34   }\r
  35   public String getDisplayId() {\r
  36     return displayId;\r
  37   }\r
  38   public void setDisplayId() {\r
  39     displayId = name + "/" + start + "-" + end;\r
  40   }\r
  41   public void setName(String name) {\r
  42     this.name = name;\r
  43     setDisplayId();\r
  44   }\r
  45   public String getName() {\r
  46     return this.name;\r
  47   }\r
  48   public void setStart(int start) {\r
  49     this.start = start;\r
  50     setDisplayId();\r
  51   }\r
  52   public int getStart() {\r
  53     return this.start;\r
  54   }\r
  55   public void setEnd(int end) {\r
  56     this.end = end;\r
  57     setDisplayId();\r
  58   }\r
  59   public int getEnd() {\r
  60     return this.end;\r
  61   }\r
  62   public int getLength() {\r
  63     return this.sequence.length();\r
  64   }\r
  65   public void setSequence(String seq) {\r
  66     this.sequence = seq;\r
  67   }\r
  68   public String getSequence() {\r
  69     return this.sequence;\r
  70   }\r
  71   public String getSequence(int start,int end) {\r
  72     return this.sequence.substring(start,end);\r
  73   }\r
  74 \r
  75   public char getCharAt(int i) {\r
  76     if (i < sequence.length()) {\r
  77       return sequence.charAt(i);\r
  78     } else {\r
  79       return ' ';\r
  80     }\r
  81   }\r
  82   public void setDescription(String desc) {\r
  83     this.description = desc;\r
  84   }\r
  85   public String getDescription() {\r
  86     return this.description;\r
  87   }\r
  88 \r
  89   public int findIndex(int pos) {\r
  90     // returns the alignment position for a residue\r
  91     int j = start;\r
  92     int i = 0;\r
  93 \r
  94     while (i< sequence.length() && j <= end && j <= pos) {\r
  95 \r
  96       String s = sequence.substring(i,i+1);\r
  97 \r
  98       if (!(s.equals(".") || s.equals("-") || s.equals(" "))) {\r
  99         j++;\r
 100       }\r
 101       i++;\r
 102     }\r
 103     if (j == end && j < pos) {\r
 104       return end+1;\r
 105     } else {\r
 106 \r
 107       return i;\r
 108     }\r
 109   }\r
 110 \r
 111   public int findPosition(int i) {\r
 112     // Returns the sequence position for an alignment position\r
 113     int j   = 0;\r
 114     int pos = start;\r
 115 \r
 116     while (j < i) {\r
 117       String s = sequence.substring(j,j+1);\r
 118 \r
 119       if (!(s.equals(".") || s.equals("-") || s.equals(" "))) {\r
 120         pos++;\r
 121       }\r
 122       j++;\r
 123     }\r
 124     return pos;\r
 125   }\r
 126   public void deleteCharAt(int i)\r
 127   {\r
 128     StringBuffer sbuffer = new StringBuffer(sequence);\r
 129     sbuffer.deleteCharAt(i);\r
 130     sequence = sbuffer.toString();\r
 131   }\r
 132 \r
 133   public void insertCharAt(int i, char c)\r
 134   {\r
 135     insertCharAt(i,c,true);\r
 136   }\r
 137 \r
 138   public void insertCharAt(int i,char c,boolean chop) {\r
 139 \r
 140     String tmp = new String(sequence);\r
 141 \r
 142     if (i < sequence.length()) {\r
 143       sequence = tmp.substring(0,i) + String.valueOf(c) + tmp.substring(i);\r
 144     } else {\r
 145       sequence = tmp + String.valueOf(c);\r
 146     }\r
 147 \r
 148   }\r
 149 \r
 150   public void        setColor(Color c) {\r
 151     this.color = c;\r
 152   }\r
 153 \r
 154   public Color       getColor() {\r
 155     return color;\r
 156   }\r
 157 \r
 158 }\r