src/jalview/datamodel/SequenceCursor.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 /**
  24  * An immutable object representing one or more residue and corresponding
  25  * alignment column positions for a sequence
  26  */
  27 public class SequenceCursor
  28 {
  29   /**
  30    * the aligned sequence this cursor applies to
  31    */
  32   public final SequenceI sequence;
  33
  34   /**
  35    * residue position in sequence (start...), 0 if undefined
  36    */
  37   public final int residuePosition;
  38
  39   /**
  40    * column position (1...) corresponding to residuePosition, or 0 if undefined
  41    */
  42   public final int columnPosition;
  43
  44   /**
  45    * column position (1...) of first residue in the sequence, or 0 if undefined
  46    */
  47   public final int firstColumnPosition;
  48
  49   /**
  50    * column position (1...) of last residue in the sequence, or 0 if undefined
  51    */
  52   public final int lastColumnPosition;
  53
  54   /**
  55    * a token which may be used to check whether this cursor is still valid for
  56    * its sequence (allowing it to be ignored if the sequence has changed)
  57    */
  58   public final int token;
  59
  60   /**
  61    * Constructor
  62    *
  63    * @param seq
  64    *          sequence this cursor applies to
  65    * @param resPos
  66    *          residue position in sequence (start..)
  67    * @param column
  68    *          column position in alignment (1..)
  69    * @param tok
  70    *          a token that may be validated by the sequence to check the cursor
  71    *          is not stale
  72    */
  73   public SequenceCursor(SequenceI seq, int resPos, int column, int tok)
  74   {
  75     this(seq, resPos, column, 0, 0, tok);
  76   }
  77
  78   /**
  79    * Constructor
  80    *
  81    * @param seq
  82    *          sequence this cursor applies to
  83    * @param resPos
  84    *          residue position in sequence (start..)
  85    * @param column
  86    *          column position in alignment (1..)
  87    * @param firstResCol
  88    *          column position of the first residue in the sequence (1..), or 0
  89    *          if not known
  90    * @param lastResCol
  91    *          column position of the last residue in the sequence (1..), or 0 if
  92    *          not known
  93    * @param tok
  94    *          a token that may be validated by the sequence to check the cursor
  95    *          is not stale
  96    */
  97   public SequenceCursor(SequenceI seq, int resPos, int column, int firstResCol,
  98           int lastResCol, int tok)
  99   {
 100     sequence = seq;
 101     residuePosition = resPos;
 102     columnPosition = column;
 103     firstColumnPosition = firstResCol;
 104     lastColumnPosition = lastResCol;
 105     token = tok;
 106   }
 107
 108   @Override
 109   public int hashCode()
 110   {
 111     int hash = 31 * residuePosition;
 112     hash = 31 * hash + columnPosition;
 113     hash = 31 * hash + token;
 114     if (sequence != null)
 115     {
 116       hash += sequence.hashCode();
 117     }
 118     return hash;
 119   }
 120
 121   /**
 122    * Two cursors are equal if they refer to the same sequence object and have
 123    * the same residue position, column position and token value
 124    */
 125   @Override
 126   public boolean equals(Object obj)
 127   {
 128     if (!(obj instanceof SequenceCursor))
 129     {
 130       return false;
 131     }
 132     SequenceCursor sc = (SequenceCursor) obj;
 133     return sequence == sc.sequence && residuePosition == sc.residuePosition
 134             && columnPosition == sc.columnPosition && token == sc.token;
 135   }
 136
 137   @Override
 138   public String toString()
 139   {
 140     String name = sequence == null ? "" : sequence.getName();
 141     return String.format("%s:Pos%d:Col%d:startCol%d:endCol%d:tok%d", name,
 142             residuePosition, columnPosition, firstColumnPosition,
 143             lastColumnPosition, token);
 144   }
 145 }