JAL-1632 add score model params to PCAModel and PCA constructors
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / SequenceDummy.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 public class SequenceDummy extends Sequence
24 {
25   public SequenceDummy(String sequenceId)
26   {
27     super(sequenceId, "THISAPLACEHOLDER");
28   }
29
30   private boolean dummy = true;
31
32   /**
33    * become a proxy for mseq, merging any existing annotation on this sequence
34    * 
35    * @param mseq
36    */
37   public void become(SequenceI mseq)
38   {
39     initSeqFrom(mseq, null);
40     dummy = false;
41   }
42
43   /**
44    * Test if the SequenceDummy has been promoted to a real sequence via
45    * SequenceDummy.become
46    * 
47    * @return true if this is a placeholder and contains no actual sequence data
48    */
49   public boolean isDummy()
50   {
51     return dummy;
52   }
53
54   /**
55    * Always suppress /start-end for display name as we don't know it
56    */
57   @Override
58   public String getDisplayId(boolean jvsuffix)
59   {
60     // required for correct behaviour of SequenceIdMatcher
61     return super.getDisplayId(false);
62   }
63 }