src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import java.util.HashMap;
  24 import java.util.Map;
  25 import java.util.Vector;
  26
  27 /**
  28  * DOCUMENT ME!
  29  *
  30  * @author $author$
  31  * @version $Revision$
  32  */
  33 public class SequenceFeature
  34 {
  35   private static final String STATUS = "status";
  36
  37   private static final String STRAND = "STRAND";
  38
  39   // private key for Phase designed not to conflict with real GFF data
  40   private static final String PHASE = "!Phase";
  41
  42   // private key for ENA location designed not to conflict with real GFF data
  43   private static final String LOCATION = "!Location";
  44
  45   /*
  46    * ATTRIBUTES is reserved for the GFF 'column 9' data, formatted as
  47    * name1=value1;name2=value2,value3;...etc
  48    */
  49   private static final String ATTRIBUTES = "ATTRIBUTES";
  50
  51   public int begin;
  52
  53   public int end;
  54
  55   public float score;
  56
  57   public String type;
  58
  59   public String description;
  60
  61   /*
  62    * a map of key-value pairs; may be populated from GFF 'column 9' data,
  63    * other data sources (e.g. GenBank file), or programmatically
  64    */
  65   public Map<String, Object> otherDetails;
  66
  67   public Vector<String> links;
  68
  69   // Feature group can be set from a features file
  70   // as a group of features between STARTGROUP and ENDGROUP markers
  71   public String featureGroup;
  72
  73   public SequenceFeature()
  74   {
  75   }
  76
  77   /**
  78    * Constructs a duplicate feature. Note: Uses makes a shallow copy of the
  79    * otherDetails map, so the new and original SequenceFeature may reference the
  80    * same objects in the map.
  81    *
  82    * @param cpy
  83    */
  84   public SequenceFeature(SequenceFeature cpy)
  85   {
  86     if (cpy != null)
  87     {
  88       begin = cpy.begin;
  89       end = cpy.end;
  90       score = cpy.score;
  91       if (cpy.type != null)
  92       {
  93         type = new String(cpy.type);
  94       }
  95       if (cpy.description != null)
  96       {
  97         description = new String(cpy.description);
  98       }
  99       if (cpy.featureGroup != null)
 100       {
 101         featureGroup = new String(cpy.featureGroup);
 102       }
 103       if (cpy.otherDetails != null)
 104       {
 105         try
 106         {
 107           otherDetails = (Map<String, Object>) ((HashMap<String, Object>) cpy.otherDetails)
 108                   .clone();
 109         } catch (Exception e)
 110         {
 111           // ignore
 112         }
 113       }
 114       if (cpy.links != null && cpy.links.size() > 0)
 115       {
 116         links = new Vector<String>();
 117         for (int i = 0, iSize = cpy.links.size(); i < iSize; i++)
 118         {
 119           links.addElement(cpy.links.elementAt(i));
 120         }
 121       }
 122     }
 123   }
 124
 125   /**
 126    * Constructor including a Status value
 127    *
 128    * @param type
 129    * @param desc
 130    * @param status
 131    * @param begin
 132    * @param end
 133    * @param featureGroup
 134    */
 135   public SequenceFeature(String type, String desc, String status,
 136           int begin, int end, String featureGroup)
 137   {
 138     this(type, desc, begin, end, featureGroup);
 139     setStatus(status);
 140   }
 141
 142   /**
 143    * Constructor
 144    *
 145    * @param type
 146    * @param desc
 147    * @param begin
 148    * @param end
 149    * @param featureGroup
 150    */
 151   SequenceFeature(String type, String desc, int begin, int end,
 152           String featureGroup)
 153   {
 154     this.type = type;
 155     this.description = desc;
 156     this.begin = begin;
 157     this.end = end;
 158     this.featureGroup = featureGroup;
 159   }
 160
 161   /**
 162    * Constructor including a score value
 163    *
 164    * @param type
 165    * @param desc
 166    * @param begin
 167    * @param end
 168    * @param score
 169    * @param featureGroup
 170    */
 171   public SequenceFeature(String type, String desc, int begin, int end,
 172           float score, String featureGroup)
 173   {
 174     this(type, desc, begin, end, featureGroup);
 175     this.score = score;
 176   }
 177
 178   /**
 179    * Two features are considered equal if they have the same type, group,
 180    * description, start, end, phase, strand, and (if present) 'Name', ID' and
 181    * 'Parent' attributes.
 182    *
 183    * Note we need to check Parent to distinguish the same exon occurring in
 184    * different transcripts (in Ensembl GFF). This allows assembly of transcript
 185    * sequences from their component exon regions.
 186    */
 187   @Override
 188   public boolean equals(Object o)
 189   {
 190     return equals(o, false);
 191   }
 192
 193   /**
 194    * Overloaded method allows the equality test to optionally ignore the
 195    * 'Parent' attribute of a feature. This supports avoiding adding many
 196    * superficially duplicate 'exon' or CDS features to genomic or protein
 197    * sequence.
 198    *
 199    * @param o
 200    * @param ignoreParent
 201    * @return
 202    */
 203   public boolean equals(Object o, boolean ignoreParent)
 204   {
 205     if (o == null || !(o instanceof SequenceFeature))
 206     {
 207       return false;
 208     }
 209
 210     SequenceFeature sf = (SequenceFeature) o;
 211     boolean sameScore = Float.isNaN(score) ? Float.isNaN(sf.score)
 212             : score == sf.score;
 213     if (begin != sf.begin || end != sf.end || !sameScore)
 214     {
 215       return false;
 216     }
 217
 218     if (getStrand() != sf.getStrand())
 219     {
 220       return false;
 221     }
 222
 223     if (!(type + description + featureGroup + getPhase()).equals(sf.type
 224             + sf.description + sf.featureGroup + sf.getPhase()))
 225     {
 226       return false;
 227     }
 228     if (!equalAttribute(getValue("ID"), sf.getValue("ID")))
 229     {
 230       return false;
 231     }
 232     if (!equalAttribute(getValue("Name"), sf.getValue("Name")))
 233     {
 234       return false;
 235     }
 236     if (!ignoreParent)
 237     {
 238       if (!equalAttribute(getValue("Parent"), sf.getValue("Parent")))
 239       {
 240         return false;
 241       }
 242     }
 243     return true;
 244   }
 245
 246   /**
 247    * Returns true if both values are null, are both non-null and equal
 248    *
 249    * @param att1
 250    * @param att2
 251    * @return
 252    */
 253   protected static boolean equalAttribute(Object att1, Object att2)
 254   {
 255     if (att1 == null && att2 == null)
 256     {
 257       return true;
 258     }
 259     if (att1 != null)
 260     {
 261       return att1.equals(att2);
 262     }
 263     return att2.equals(att1);
 264   }
 265
 266   /**
 267    * DOCUMENT ME!
 268    *
 269    * @return DOCUMENT ME!
 270    */
 271   public int getBegin()
 272   {
 273     return begin;
 274   }
 275
 276   public void setBegin(int start)
 277   {
 278     this.begin = start;
 279   }
 280
 281   /**
 282    * DOCUMENT ME!
 283    *
 284    * @return DOCUMENT ME!
 285    */
 286   public int getEnd()
 287   {
 288     return end;
 289   }
 290
 291   public void setEnd(int end)
 292   {
 293     this.end = end;
 294   }
 295
 296   /**
 297    * DOCUMENT ME!
 298    *
 299    * @return DOCUMENT ME!
 300    */
 301   public String getType()
 302   {
 303     return type;
 304   }
 305
 306   public void setType(String type)
 307   {
 308     this.type = type;
 309   }
 310
 311   /**
 312    * DOCUMENT ME!
 313    *
 314    * @return DOCUMENT ME!
 315    */
 316   public String getDescription()
 317   {
 318     return description;
 319   }
 320
 321   public void setDescription(String desc)
 322   {
 323     description = desc;
 324   }
 325
 326   public String getFeatureGroup()
 327   {
 328     return featureGroup;
 329   }
 330
 331   public void setFeatureGroup(String featureGroup)
 332   {
 333     this.featureGroup = featureGroup;
 334   }
 335
 336   public void addLink(String labelLink)
 337   {
 338     if (links == null)
 339     {
 340       links = new Vector<String>();
 341     }
 342
 343     links.insertElementAt(labelLink, 0);
 344   }
 345
 346   public float getScore()
 347   {
 348     return score;
 349   }
 350
 351   public void setScore(float value)
 352   {
 353     score = value;
 354   }
 355
 356   /**
 357    * Used for getting values which are not in the basic set. eg STRAND, PHASE
 358    * for GFF file
 359    *
 360    * @param key
 361    *          String
 362    */
 363   public Object getValue(String key)
 364   {
 365     if (otherDetails == null)
 366     {
 367       return null;
 368     }
 369     else
 370     {
 371       return otherDetails.get(key);
 372     }
 373   }
 374
 375   /**
 376    * Returns a property value for the given key if known, else the specified
 377    * default value
 378    *
 379    * @param key
 380    * @param defaultValue
 381    * @return
 382    */
 383   public Object getValue(String key, Object defaultValue)
 384   {
 385     Object value = getValue(key);
 386     return value == null ? defaultValue : value;
 387   }
 388
 389   /**
 390    * Used for setting values which are not in the basic set. eg STRAND, FRAME
 391    * for GFF file
 392    *
 393    * @param key
 394    *          eg STRAND
 395    * @param value
 396    *          eg +
 397    */
 398   public void setValue(String key, Object value)
 399   {
 400     if (value != null)
 401     {
 402       if (otherDetails == null)
 403       {
 404         otherDetails = new HashMap<String, Object>();
 405       }
 406
 407       otherDetails.put(key, value);
 408     }
 409   }
 410
 411   /*
 412    * The following methods are added to maintain the castor Uniprot mapping file
 413    * for the moment.
 414    */
 415   public void setStatus(String status)
 416   {
 417     setValue(STATUS, status);
 418   }
 419
 420   public String getStatus()
 421   {
 422     return (String) getValue(STATUS);
 423   }
 424
 425   public void setAttributes(String attr)
 426   {
 427     setValue(ATTRIBUTES, attr);
 428   }
 429
 430   public String getAttributes()
 431   {
 432     return (String) getValue(ATTRIBUTES);
 433   }
 434
 435   public void setPosition(int pos)
 436   {
 437     begin = pos;
 438     end = pos;
 439   }
 440
 441   public int getPosition()
 442   {
 443     return begin;
 444   }
 445
 446   /**
 447    * Return 1 for forward strand ('+' in GFF), -1 for reverse strand ('-' in
 448    * GFF), and 0 for unknown or not (validly) specified
 449    *
 450    * @return
 451    */
 452   public int getStrand()
 453   {
 454     int strand = 0;
 455     if (otherDetails != null)
 456     {
 457       Object str = otherDetails.get(STRAND);
 458       if ("-".equals(str))
 459       {
 460         strand = -1;
 461       }
 462       else if ("+".equals(str))
 463       {
 464         strand = 1;
 465       }
 466     }
 467     return strand;
 468   }
 469
 470   /**
 471    * Set the value of strand
 472    *
 473    * @param strand
 474    *          should be "+" for forward, or "-" for reverse
 475    */
 476   public void setStrand(String strand)
 477   {
 478     setValue(STRAND, strand);
 479   }
 480
 481   public void setPhase(String phase)
 482   {
 483     setValue(PHASE, phase);
 484   }
 485
 486   public String getPhase()
 487   {
 488     return (String) getValue(PHASE);
 489   }
 490
 491   /**
 492    * Sets the 'raw' ENA format location specifier e.g. join(12..45,89..121)
 493    *
 494    * @param loc
 495    */
 496   public void setEnaLocation(String loc)
 497   {
 498     setValue(LOCATION, loc);
 499   }
 500
 501   /**
 502    * Gets the 'raw' ENA format location specifier e.g. join(12..45,89..121)
 503    *
 504    * @param loc
 505    */
 506   public String getEnaLocation()
 507   {
 508     return (String) getValue(LOCATION);
 509   }
 510
 511   /**
 512    * Readable representation, for debug only, not guaranteed not to change
 513    * between versions
 514    */
 515   @Override
 516   public String toString()
 517   {
 518     return String.format("%d %d %s %s", getBegin(), getEnd(), getType(),
 519             getDescription());
 520   }
 521
 522   /**
 523    * Overridden to ensure that whenever two objects are equal, they have the
 524    * same hashCode
 525    */
 526   @Override
 527   public int hashCode()
 528   {
 529     String s = getType() + getDescription() + getFeatureGroup()
 530             + getValue("ID") + getValue("Name") + getValue("Parent")
 531             + getPhase();
 532     return s.hashCode() + getBegin() + getEnd() + (int) getScore()
 533             + getStrand();
 534   }
 535
 536   /**
 537    * Answers true if the feature's start/end values represent two related
 538    * positions, rather than ends of a range. Such features may be visualised or
 539    * reported differently to features on a range.
 540    */
 541   public boolean isContactFeature()
 542   {
 543     // TODO abstract one day to a FeatureType class
 544     if ("disulfide bond".equalsIgnoreCase(type)
 545             || "disulphide bond".equalsIgnoreCase(type))
 546     {
 547       return true;
 548     }
 549     return false;
 550   }
 551 }