pid and conservation changes
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / SequenceFeature.java
1 package jalview.datamodel;\r
2 \r
3 import java.awt.*;\r
4 \r
5 public class SequenceFeature {\r
6   int begin;\r
7   int end;\r
8   String type;\r
9   String description;\r
10   String status;\r
11 \r
12   public SequenceFeature()\r
13   {\r
14   }\r
15 \r
16   public SequenceFeature(String type, int start, int end, String description, String status)\r
17   {\r
18     this.type = type;\r
19     this.begin = start;\r
20     this.end = end;\r
21     this.description = description;\r
22     this.status = status;\r
23   }\r
24 \r
25   public int getStart() {\r
26     return begin;\r
27   }\r
28   public int getEnd() {\r
29     return end;\r
30   }\r
31   public String getType() {\r
32     return type;\r
33   }\r
34   public String getDescription() {\r
35     return description;\r
36   }\r
37   public String getStatus()\r
38   {return status;}\r
39 \r
40 \r
41 /*\r
42       <xs:enumeration value="active site" />\r
43 <xs:enumeration value="binding site" />\r
44 <xs:enumeration value="calcium-binding region" />\r
45 <xs:enumeration value="chain" />\r
46 <xs:enumeration value="cross-link" />\r
47 <xs:enumeration value="disulfide bond" />\r
48 <xs:enumeration value="DNA-binding region" />\r
49 <xs:enumeration value="domain" />\r
50 <xs:enumeration value="glycosylation site" />\r
51 <xs:enumeration value="helix" />\r
52 <xs:enumeration value="initiator methionine" />\r
53 <xs:enumeration value="lipid moiety-binding region" />\r
54 <xs:enumeration value="metal ion-binding site" />\r
55 <xs:enumeration value="modified residue" />\r
56 <xs:enumeration value="mutagenesis site" />\r
57 <xs:enumeration value="non-consecutive residues" />\r
58 <xs:enumeration value="non-terminal residue" />\r
59 <xs:enumeration value="nucleotide phosphate-binding region" />\r
60 <xs:enumeration value="peptide" />\r
61 <xs:enumeration value="propeptide" />\r
62 <xs:enumeration value="repeat" />\r
63 <xs:enumeration value="selenocysteine" />\r
64 <xs:enumeration value="sequence conflict" />\r
65 <xs:enumeration value="sequence variant" />\r
66 <xs:enumeration value="signal peptide" />\r
67 <xs:enumeration value="similar" />\r
68 <xs:enumeration value="site" />\r
69 <xs:enumeration value="splice variant" />\r
70 <xs:enumeration value="strand" />\r
71 <xs:enumeration value="thioether bond" />\r
72 <xs:enumeration value="thiolester bond" />\r
73 <xs:enumeration value="transit peptide" />\r
74 <xs:enumeration value="transmembrane region" />\r
75 <xs:enumeration value="turn" />\r
76 <xs:enumeration value="unsure residue" />\r
77 <xs:enumeration value="zinc finger region" />\r
78 */\r
79 \r
80 }\r
81 \r