src/jalview/datamodel/SequenceFeature.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 \r
   5 public class SequenceFeature {\r
   6   int begin;\r
   7   int end;\r
   8   String type;\r
   9   String description;\r
  10   String status;\r
  11 \r
  12   public SequenceFeature()\r
  13   {\r
  14   }\r
  15 \r
  16   public SequenceFeature(String type, int start, int end, String description, String status)\r
  17   {\r
  18     this.type = type;\r
  19     this.begin = start;\r
  20     this.end = end;\r
  21     this.description = description;\r
  22     this.status = status;\r
  23   }\r
  24 \r
  25   public int getStart() {\r
  26     return begin;\r
  27   }\r
  28   public int getEnd() {\r
  29     return end;\r
  30   }\r
  31   public String getType() {\r
  32     return type;\r
  33   }\r
  34   public String getDescription() {\r
  35     return description;\r
  36   }\r
  37   public String getStatus()\r
  38   {return status;}\r
  39 \r
  40 \r
  41 /*\r
  42       <xs:enumeration value="active site" />\r
  43 <xs:enumeration value="binding site" />\r
  44 <xs:enumeration value="calcium-binding region" />\r
  45 <xs:enumeration value="chain" />\r
  46 <xs:enumeration value="cross-link" />\r
  47 <xs:enumeration value="disulfide bond" />\r
  48 <xs:enumeration value="DNA-binding region" />\r
  49 <xs:enumeration value="domain" />\r
  50 <xs:enumeration value="glycosylation site" />\r
  51 <xs:enumeration value="helix" />\r
  52 <xs:enumeration value="initiator methionine" />\r
  53 <xs:enumeration value="lipid moiety-binding region" />\r
  54 <xs:enumeration value="metal ion-binding site" />\r
  55 <xs:enumeration value="modified residue" />\r
  56 <xs:enumeration value="mutagenesis site" />\r
  57 <xs:enumeration value="non-consecutive residues" />\r
  58 <xs:enumeration value="non-terminal residue" />\r
  59 <xs:enumeration value="nucleotide phosphate-binding region" />\r
  60 <xs:enumeration value="peptide" />\r
  61 <xs:enumeration value="propeptide" />\r
  62 <xs:enumeration value="repeat" />\r
  63 <xs:enumeration value="selenocysteine" />\r
  64 <xs:enumeration value="sequence conflict" />\r
  65 <xs:enumeration value="sequence variant" />\r
  66 <xs:enumeration value="signal peptide" />\r
  67 <xs:enumeration value="similar" />\r
  68 <xs:enumeration value="site" />\r
  69 <xs:enumeration value="splice variant" />\r
  70 <xs:enumeration value="strand" />\r
  71 <xs:enumeration value="thioether bond" />\r
  72 <xs:enumeration value="thiolester bond" />\r
  73 <xs:enumeration value="transit peptide" />\r
  74 <xs:enumeration value="transmembrane region" />\r
  75 <xs:enumeration value="turn" />\r
  76 <xs:enumeration value="unsure residue" />\r
  77 <xs:enumeration value="zinc finger region" />\r
  78 */\r
  79 \r
  80 }\r
  81 \r