src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import jalview.schemes.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import java.util.Vector;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 \r
   9 public class SequenceGroup\r
  10 {\r
  11   String groupName;\r
  12   Conservation conserve;\r
  13   Vector aaFrequency;\r
  14   boolean displayBoxes;\r
  15   boolean displayText;\r
  16   boolean colourText;\r
  17   boolean aaFrequencyValid = false;\r
  18   public Vector sequences = new Vector();\r
  19   int width = -1;\r
  20   public ColourSchemeI cs;\r
  21   int startRes = 0;\r
  22   int endRes = 0;\r
  23   Color outlineColour = Color.black;\r
  24 \r
  25   public SequenceGroup()\r
  26   {\r
  27     groupName = "Group";\r
  28     this.displayBoxes = true;\r
  29     this.displayText = true;\r
  30     this.colourText = false;\r
  31     cs = null;\r
  32   }\r
  33 \r
  34   public SequenceGroup(String groupName, ColourSchemeI scheme,\r
  35                        boolean displayBoxes, boolean displayText,\r
  36                        boolean colourText,\r
  37                        int start,\r
  38                        int end)\r
  39   {\r
  40 \r
  41     this.groupName = groupName;\r
  42     this.displayBoxes = displayBoxes;\r
  43     this.displayText = displayText;\r
  44     this.colourText = colourText;\r
  45     this.cs = scheme;\r
  46     startRes = start;\r
  47     endRes = end;\r
  48   }\r
  49 \r
  50   public boolean adjustForRemoveLeft(int col)\r
  51   {\r
  52     // return value is true if the group still exists\r
  53     if(startRes>=col)\r
  54       startRes = startRes - col;\r
  55     if(endRes>=col)\r
  56     {\r
  57       endRes = endRes - col;\r
  58       if(startRes>endRes)\r
  59         startRes = 0;\r
  60     }\r
  61     else\r
  62     {\r
  63         // must delete this group!!\r
  64         return false;\r
  65     }\r
  66 \r
  67     return true;\r
  68   }\r
  69 \r
  70   public boolean adjustForRemoveRight(int col)\r
  71   {\r
  72 \r
  73     if(startRes>col)\r
  74     {\r
  75       // delete this group\r
  76       return false;\r
  77     }\r
  78 \r
  79     if(endRes>=col)\r
  80       endRes = col;\r
  81 \r
  82 \r
  83     return true;\r
  84   }\r
  85 \r
  86 \r
  87   public String getName()\r
  88   {\r
  89     return groupName;\r
  90   }\r
  91 \r
  92   public void setName(String name)\r
  93   {\r
  94     groupName = name;\r
  95   }\r
  96 \r
  97   public Conservation getConservation()\r
  98   {\r
  99     return conserve;\r
 100   }\r
 101 \r
 102   public void setConservation(Conservation c)\r
 103   {\r
 104     conserve = c;\r
 105   }\r
 106 \r
 107   public void addSequence(SequenceI s)\r
 108   {\r
 109     if(!sequences.contains(s))\r
 110       sequences.addElement(s);\r
 111   }\r
 112 \r
 113   public void addOrRemove(SequenceI s)\r
 114   {\r
 115     if(sequences.contains(s))\r
 116       deleteSequence(s);\r
 117     else\r
 118       addSequence(s);\r
 119   }\r
 120 \r
 121   public void deleteSequence(SequenceI s)\r
 122   {\r
 123     sequences.removeElement(s);\r
 124   }\r
 125 \r
 126 \r
 127   public int getStartRes()\r
 128   {\r
 129     return startRes;\r
 130   }\r
 131 \r
 132   public int getEndRes()\r
 133   {\r
 134     return endRes;\r
 135   }\r
 136 \r
 137   public void setStartRes(int i)\r
 138   {\r
 139     startRes = i;\r
 140   }\r
 141 \r
 142   public void setEndRes(int i)\r
 143   {\r
 144     endRes = i;\r
 145   }\r
 146 \r
 147   public int getSize()\r
 148   {\r
 149     return sequences.size();\r
 150   }\r
 151 \r
 152   public SequenceI getSequenceAt(int i)\r
 153   {\r
 154     return (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 155   }\r
 156 \r
 157   public void setColourText(boolean state)\r
 158   {\r
 159     colourText = state;\r
 160   }\r
 161 \r
 162   public boolean getColourText()\r
 163   {\r
 164     return colourText;\r
 165   }\r
 166 \r
 167   public void setDisplayText(boolean state)\r
 168   {\r
 169     displayText = state;\r
 170   }\r
 171 \r
 172   public boolean getDisplayText()\r
 173   {\r
 174     return displayText;\r
 175   }\r
 176 \r
 177   public void setDisplayBoxes(boolean state)\r
 178   {\r
 179     displayBoxes = state;\r
 180   }\r
 181 \r
 182   public boolean getDisplayBoxes()\r
 183   {\r
 184     return displayBoxes;\r
 185   }\r
 186 \r
 187   public Vector getAAFrequency()\r
 188   {\r
 189     if (aaFrequency == null || aaFrequencyValid == false)\r
 190     {\r
 191       aaFrequency = AAFrequency.calculate(sequences, 0, getWidth());\r
 192       aaFrequencyValid = true;\r
 193     }\r
 194     return aaFrequency;\r
 195   }\r
 196 \r
 197   public int getWidth()\r
 198   {\r
 199     System.out.println("it is called");\r
 200     // MC This needs to get reset when characters are inserted and deleted\r
 201     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 202     {\r
 203       SequenceI seq = (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 204       if (seq.getLength() > width)\r
 205         width = seq.getLength();\r
 206     }\r
 207     return width;\r
 208   }\r
 209 \r
 210 \r
 211   public void setOutlineColour(Color c)\r
 212   {\r
 213     outlineColour = c;\r
 214   }\r
 215   public Color getOutlineColour()\r
 216   {\r
 217     return outlineColour;\r
 218   }\r
 219 }\r