src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * DOCUMENT ME!\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class SequenceGroup\r
  37 {\r
  38     String groupName;\r
  39     Conservation conserve;\r
  40     Vector aaFrequency;\r
  41     boolean displayBoxes;\r
  42     boolean displayText;\r
  43     boolean colourText;\r
  44     private Vector sequences = new Vector();\r
  45     int width = -1;\r
  46 \r
  47     /** DOCUMENT ME!! */\r
  48     public ColourSchemeI cs;\r
  49     int startRes = 0;\r
  50     int endRes = 0;\r
  51     Color outlineColour = Color.black;\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * Creates a new SequenceGroup object.\r
  55      */\r
  56     public SequenceGroup()\r
  57     {\r
  58         groupName = "Group";\r
  59         this.displayBoxes = true;\r
  60         this.displayText = true;\r
  61         this.colourText = false;\r
  62         cs = null;\r
  63     }\r
  64 \r
  65     /**\r
  66      * Creates a new SequenceGroup object.\r
  67      *\r
  68      * @param sequences DOCUMENT ME!\r
  69      * @param groupName DOCUMENT ME!\r
  70      * @param scheme DOCUMENT ME!\r
  71      * @param displayBoxes DOCUMENT ME!\r
  72      * @param displayText DOCUMENT ME!\r
  73      * @param colourText DOCUMENT ME!\r
  74      * @param start DOCUMENT ME!\r
  75      * @param end DOCUMENT ME!\r
  76      */\r
  77     public SequenceGroup(Vector sequences, String groupName,\r
  78         ColourSchemeI scheme, boolean displayBoxes, boolean displayText,\r
  79         boolean colourText, int start, int end)\r
  80     {\r
  81         this.sequences = sequences;\r
  82         this.groupName = groupName;\r
  83         this.displayBoxes = displayBoxes;\r
  84         this.displayText = displayText;\r
  85         this.colourText = colourText;\r
  86         this.cs = scheme;\r
  87         startRes = start;\r
  88         endRes = end;\r
  89         recalcConservation();\r
  90     }\r
  91 \r
  92     /**\r
  93      * Creates a new SequenceGroup object.\r
  94      *\r
  95      * @param groupName DOCUMENT ME!\r
  96      * @param scheme DOCUMENT ME!\r
  97      * @param displayBoxes DOCUMENT ME!\r
  98      * @param displayText DOCUMENT ME!\r
  99      * @param colourText DOCUMENT ME!\r
 100      * @param start DOCUMENT ME!\r
 101      * @param end DOCUMENT ME!\r
 102      */\r
 103     public SequenceGroup(String groupName, ColourSchemeI scheme,\r
 104         boolean displayBoxes, boolean displayText, boolean colourText,\r
 105         int start, int end)\r
 106     {\r
 107         this.groupName = groupName;\r
 108         this.displayBoxes = displayBoxes;\r
 109         this.displayText = displayText;\r
 110         this.colourText = colourText;\r
 111         this.cs = scheme;\r
 112         startRes = start;\r
 113         endRes = end;\r
 114     }\r
 115 \r
 116     public SequenceI [] getSelectionAsNewSequences(AlignmentI align)\r
 117     {\r
 118       int iSize = sequences.size();\r
 119       SequenceI [] seqs = new SequenceI[iSize];\r
 120       SequenceI [] inorder = getSequencesInOrder(align);\r
 121 \r
 122     char ch;\r
 123     int sres, eres;\r
 124 \r
 125     for (int i = 0; i < iSize; i++)\r
 126     {\r
 127       SequenceI seq = inorder[i];\r
 128 \r
 129       //FIND START RES\r
 130       //Returns residue following index if gap\r
 131       sres = seq.findPosition(startRes);\r
 132 \r
 133       //FIND END RES\r
 134       //Need to find the residue preceeding index if gap\r
 135       eres = 0;\r
 136 \r
 137       for (int j = 0; j < endRes + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
 138       {\r
 139         ch = seq.getCharAt(j);\r
 140         if (!jalview.util.Comparison.isGap( (ch)))\r
 141         {\r
 142           eres++;\r
 143         }\r
 144       }\r
 145 \r
 146       if (eres > 0)\r
 147       {\r
 148         eres += seq.getStart() - 1;\r
 149       }\r
 150 \r
 151       seqs[i] = new Sequence(seq.getName(),\r
 152                              seq.getSequence(startRes, endRes + 1),\r
 153                              sres,\r
 154                              eres);\r
 155       seqs[i].setDescription(seq.getDescription());\r
 156       seqs[i].setDBRef(seq.getDBRef());\r
 157       seqs[i].setSequenceFeatures(seq.getSequenceFeatures());\r
 158       if (seqs[i].getDatasetSequence() != null)\r
 159         seqs[i].setDatasetSequence(seq.getDatasetSequence());\r
 160 \r
 161       if(seq.getAnnotation()!=null)\r
 162       {\r
 163         for(int a=0; a<seq.getAnnotation().length; a++)\r
 164           seqs[i].addAlignmentAnnotation(seq.getAnnotation()[a]);\r
 165       }\r
 166     }\r
 167 \r
 168     return seqs;\r
 169 \r
 170     }\r
 171 \r
 172     public Vector getSequences(boolean includeHidden)\r
 173     {\r
 174       if(!includeHidden)\r
 175         return sequences;\r
 176       else\r
 177       {\r
 178         Vector allSequences = new Vector();\r
 179         SequenceI seq;\r
 180         for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 181         {\r
 182           seq = (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 183           allSequences.addElement(seq);\r
 184           if (seq.getHiddenSequences() != null)\r
 185           {\r
 186             for (int h = 0; h < seq.getHiddenSequences().getSize(false); h++)\r
 187             {\r
 188               allSequences.addElement(\r
 189                   seq.getHiddenSequences().getSequenceAt(h)\r
 190                   );\r
 191             }\r
 192           }\r
 193         }\r
 194 \r
 195         return allSequences;\r
 196       }\r
 197     }\r
 198 \r
 199     /**\r
 200      * DOCUMENT ME!\r
 201      *\r
 202      * @param col DOCUMENT ME!\r
 203      *\r
 204      * @return DOCUMENT ME!\r
 205      */\r
 206     public boolean adjustForRemoveLeft(int col)\r
 207     {\r
 208         // return value is true if the group still exists\r
 209         if (startRes >= col)\r
 210         {\r
 211             startRes = startRes - col;\r
 212         }\r
 213 \r
 214         if (endRes >= col)\r
 215         {\r
 216             endRes = endRes - col;\r
 217 \r
 218             if (startRes > endRes)\r
 219             {\r
 220                 startRes = 0;\r
 221             }\r
 222         }\r
 223         else\r
 224         {\r
 225             // must delete this group!!\r
 226             return false;\r
 227         }\r
 228 \r
 229         return true;\r
 230     }\r
 231 \r
 232     /**\r
 233      * DOCUMENT ME!\r
 234      *\r
 235      * @param col DOCUMENT ME!\r
 236      *\r
 237      * @return DOCUMENT ME!\r
 238      */\r
 239     public boolean adjustForRemoveRight(int col)\r
 240     {\r
 241         if (startRes > col)\r
 242         {\r
 243             // delete this group\r
 244             return false;\r
 245         }\r
 246 \r
 247         if (endRes >= col)\r
 248         {\r
 249             endRes = col;\r
 250         }\r
 251 \r
 252         return true;\r
 253     }\r
 254 \r
 255     /**\r
 256      * DOCUMENT ME!\r
 257      *\r
 258      * @return DOCUMENT ME!\r
 259      */\r
 260     public String getName()\r
 261     {\r
 262         return groupName;\r
 263     }\r
 264 \r
 265     /**\r
 266      * DOCUMENT ME!\r
 267      *\r
 268      * @param name DOCUMENT ME!\r
 269      */\r
 270     public void setName(String name)\r
 271     {\r
 272         groupName = name;\r
 273     }\r
 274 \r
 275     /**\r
 276      * DOCUMENT ME!\r
 277      *\r
 278      * @return DOCUMENT ME!\r
 279      */\r
 280     public Conservation getConservation()\r
 281     {\r
 282         return conserve;\r
 283     }\r
 284 \r
 285     /**\r
 286      * DOCUMENT ME!\r
 287      *\r
 288      * @param c DOCUMENT ME!\r
 289      */\r
 290     public void setConservation(Conservation c)\r
 291     {\r
 292         conserve = c;\r
 293     }\r
 294 \r
 295     /**\r
 296      * DOCUMENT ME!\r
 297      *\r
 298      * @param s DOCUMENT ME!\r
 299      * @param recalc DOCUMENT ME!\r
 300      */\r
 301     public void addSequence(SequenceI s, boolean recalc)\r
 302     {\r
 303         if (!sequences.contains(s))\r
 304         {\r
 305             sequences.addElement(s);\r
 306         }\r
 307 \r
 308         if (recalc)\r
 309         {\r
 310             recalcConservation();\r
 311         }\r
 312     }\r
 313 \r
 314     /**\r
 315      * DOCUMENT ME!\r
 316      */\r
 317     public void recalcConservation()\r
 318     {\r
 319         if(cs == null)\r
 320           return;\r
 321 \r
 322         cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sequences, 0, getWidth()));\r
 323 \r
 324 \r
 325         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 326         {\r
 327             ((ClustalxColourScheme) cs).resetClustalX(sequences, getWidth());\r
 328         }\r
 329 \r
 330 \r
 331         if (cs.conservationApplied())\r
 332         {\r
 333             Conservation c = new Conservation(groupName,\r
 334                     ResidueProperties.propHash, 3, sequences, 0, getWidth());\r
 335             c.calculate();\r
 336             c.verdict(false, 25);\r
 337 \r
 338 \r
 339             cs.setConservation(c);\r
 340 \r
 341             if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 342             {\r
 343                 ((ClustalxColourScheme) cs).resetClustalX(sequences,\r
 344                     getWidth());\r
 345             }\r
 346         }\r
 347     }\r
 348 \r
 349     /**\r
 350      * DOCUMENT ME!\r
 351      *\r
 352      * @param s DOCUMENT ME!\r
 353      * @param recalc DOCUMENT ME!\r
 354      */\r
 355     public void addOrRemove(SequenceI s, boolean recalc)\r
 356     {\r
 357         if (sequences.contains(s))\r
 358         {\r
 359             deleteSequence(s, recalc);\r
 360         }\r
 361         else\r
 362         {\r
 363             addSequence(s, recalc);\r
 364         }\r
 365     }\r
 366 \r
 367     /**\r
 368      * DOCUMENT ME!\r
 369      *\r
 370      * @param s DOCUMENT ME!\r
 371      * @param recalc DOCUMENT ME!\r
 372      */\r
 373     public void deleteSequence(SequenceI s, boolean recalc)\r
 374     {\r
 375         sequences.removeElement(s);\r
 376 \r
 377         if (recalc)\r
 378         {\r
 379             recalcConservation();\r
 380         }\r
 381     }\r
 382 \r
 383     /**\r
 384      * DOCUMENT ME!\r
 385      *\r
 386      * @return DOCUMENT ME!\r
 387      */\r
 388     public int getStartRes()\r
 389     {\r
 390         return startRes;\r
 391     }\r
 392 \r
 393     /**\r
 394      * DOCUMENT ME!\r
 395      *\r
 396      * @return DOCUMENT ME!\r
 397      */\r
 398     public int getEndRes()\r
 399     {\r
 400         return endRes;\r
 401     }\r
 402 \r
 403     /**\r
 404      * DOCUMENT ME!\r
 405      *\r
 406      * @param i DOCUMENT ME!\r
 407      */\r
 408     public void setStartRes(int i)\r
 409     {\r
 410         startRes = i;\r
 411     }\r
 412 \r
 413     /**\r
 414      * DOCUMENT ME!\r
 415      *\r
 416      * @param i DOCUMENT ME!\r
 417      */\r
 418     public void setEndRes(int i)\r
 419     {\r
 420         endRes = i;\r
 421     }\r
 422 \r
 423     /**\r
 424      * DOCUMENT ME!\r
 425      *\r
 426      * @return DOCUMENT ME!\r
 427      */\r
 428     public int getSize(boolean includeHidden)\r
 429     {\r
 430       if(!includeHidden)\r
 431         return sequences.size();\r
 432       else\r
 433       {\r
 434         int total = sequences.size();\r
 435         SequenceI seq;\r
 436         for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 437         {\r
 438           seq = (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 439           if (seq.getHiddenSequences() != null)\r
 440           {\r
 441             total += seq.getHiddenSequences().getSize(false);\r
 442           }\r
 443         }\r
 444         return total;\r
 445       }\r
 446     }\r
 447 \r
 448     /**\r
 449      * DOCUMENT ME!\r
 450      *\r
 451      * @param i DOCUMENT ME!\r
 452      *\r
 453      * @return DOCUMENT ME!\r
 454      */\r
 455     public SequenceI getSequenceAt(int i)\r
 456     {\r
 457         return (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 458     }\r
 459 \r
 460     /**\r
 461      * DOCUMENT ME!\r
 462      *\r
 463      * @param state DOCUMENT ME!\r
 464      */\r
 465     public void setColourText(boolean state)\r
 466     {\r
 467         colourText = state;\r
 468     }\r
 469 \r
 470     /**\r
 471      * DOCUMENT ME!\r
 472      *\r
 473      * @return DOCUMENT ME!\r
 474      */\r
 475     public boolean getColourText()\r
 476     {\r
 477         return colourText;\r
 478     }\r
 479 \r
 480     /**\r
 481      * DOCUMENT ME!\r
 482      *\r
 483      * @param state DOCUMENT ME!\r
 484      */\r
 485     public void setDisplayText(boolean state)\r
 486     {\r
 487         displayText = state;\r
 488     }\r
 489 \r
 490     /**\r
 491      * DOCUMENT ME!\r
 492      *\r
 493      * @return DOCUMENT ME!\r
 494      */\r
 495     public boolean getDisplayText()\r
 496     {\r
 497         return displayText;\r
 498     }\r
 499 \r
 500     /**\r
 501      * DOCUMENT ME!\r
 502      *\r
 503      * @param state DOCUMENT ME!\r
 504      */\r
 505     public void setDisplayBoxes(boolean state)\r
 506     {\r
 507         displayBoxes = state;\r
 508     }\r
 509 \r
 510     /**\r
 511      * DOCUMENT ME!\r
 512      *\r
 513      * @return DOCUMENT ME!\r
 514      */\r
 515     public boolean getDisplayBoxes()\r
 516     {\r
 517         return displayBoxes;\r
 518     }\r
 519 \r
 520     /**\r
 521      * DOCUMENT ME!\r
 522      *\r
 523      * @return DOCUMENT ME!\r
 524      */\r
 525     public int getWidth()\r
 526     {\r
 527         // MC This needs to get reset when characters are inserted and deleted\r
 528         if (sequences.size() > 0)\r
 529         {\r
 530             width = ((SequenceI) sequences.elementAt(0)).getLength();\r
 531         }\r
 532 \r
 533         for (int i = 1; i < sequences.size(); i++)\r
 534         {\r
 535             SequenceI seq = (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 536 \r
 537             if (seq.getLength() > width)\r
 538             {\r
 539                 width = seq.getLength();\r
 540             }\r
 541         }\r
 542 \r
 543         return width;\r
 544     }\r
 545 \r
 546     /**\r
 547      * DOCUMENT ME!\r
 548      *\r
 549      * @param c DOCUMENT ME!\r
 550      */\r
 551     public void setOutlineColour(Color c)\r
 552     {\r
 553         outlineColour = c;\r
 554     }\r
 555 \r
 556     /**\r
 557      * DOCUMENT ME!\r
 558      *\r
 559      * @return DOCUMENT ME!\r
 560      */\r
 561     public Color getOutlineColour()\r
 562     {\r
 563         return outlineColour;\r
 564     }\r
 565 \r
 566     /**\r
 567      *\r
 568      * returns the sequences in the group ordered by the ordering given by al\r
 569      *\r
 570      * @param al Alignment\r
 571      * @return SequenceI[]\r
 572      */\r
 573     public SequenceI[] getSequencesInOrder(AlignmentI al)\r
 574     {\r
 575         int sz = sequences.size();\r
 576         java.util.Hashtable orderedSeqs = new java.util.Hashtable();\r
 577         SequenceI[] seqs = new SequenceI[sz];\r
 578 \r
 579         for (int i = 0; i < sz; i++)\r
 580         {\r
 581             SequenceI seq = (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 582             int index = al.findIndex(seq);\r
 583             orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
 584         }\r
 585 \r
 586         int index = 0;\r
 587 \r
 588         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)\r
 589         {\r
 590             if (orderedSeqs.containsKey(i + ""))\r
 591             {\r
 592                 seqs[index++] = (SequenceI) orderedSeqs.get(i + "");\r
 593             }\r
 594         }\r
 595 \r
 596         return seqs;\r
 597     }\r
 598 }\r