src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import jalview.schemes.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import java.util.Vector;\r
   7 \r
   8 public class SequenceGroup\r
   9 {\r
  10   String groupName;\r
  11   boolean isSelected;\r
  12   boolean displayBoxes;\r
  13   boolean displayText;\r
  14   boolean colourText;\r
  15   boolean display;\r
  16   Conservation conserve;\r
  17   Vector aaFrequency;\r
  18   boolean aaFrequencyValid = false;\r
  19   public Vector sequences = new Vector();\r
  20   int width = -1;\r
  21   public ColourSchemeI cs;\r
  22   int startRes = 0;\r
  23   int endRes = 0;\r
  24 \r
  25   public SequenceGroup()\r
  26   {\r
  27     groupName = "Group";\r
  28     this.isSelected = false;\r
  29     this.displayBoxes = true;\r
  30     this.displayText = true;\r
  31     this.colourText = false;\r
  32     this.display = true;\r
  33     cs = null;\r
  34   }\r
  35 \r
  36   public SequenceGroup(String groupName, ColourSchemeI scheme,\r
  37                        boolean isSelected,\r
  38                        boolean displayBoxes, boolean displayText,\r
  39                        boolean colourText,\r
  40                        boolean display,\r
  41                        int start,\r
  42                        int end)\r
  43   {\r
  44 \r
  45     this.groupName = groupName;\r
  46     this.isSelected = isSelected;\r
  47     this.displayBoxes = displayBoxes;\r
  48     this.displayText = displayText;\r
  49     this.colourText = colourText;\r
  50     this.display = display;\r
  51     this.cs = scheme;\r
  52     startRes = start;\r
  53     endRes = end;\r
  54   }\r
  55 \r
  56   public String getName()\r
  57   {\r
  58     return groupName;\r
  59   }\r
  60 \r
  61   public void setName(String name)\r
  62   {\r
  63     groupName = name;\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public Conservation getConservation()\r
  67   {\r
  68     return conserve;\r
  69   }\r
  70 \r
  71   public void setConservation(Conservation c)\r
  72   {\r
  73     conserve = c;\r
  74   }\r
  75 \r
  76   public void addSequence(SequenceI s)\r
  77   {\r
  78     if(!sequences.contains(s))\r
  79       sequences.addElement(s);\r
  80   }\r
  81 \r
  82   public void addOrRemove(SequenceI s)\r
  83   {\r
  84     if(sequences.contains(s))\r
  85       deleteSequence(s);\r
  86     else\r
  87       addSequence(s);\r
  88   }\r
  89 \r
  90   public void deleteSequence(SequenceI s)\r
  91   {\r
  92     sequences.removeElement(s);\r
  93   }\r
  94 \r
  95   public void setColourText(boolean state)\r
  96   {\r
  97     colourText = state;\r
  98   }\r
  99 \r
 100   public boolean getColourText()\r
 101   {\r
 102     return colourText;\r
 103   }\r
 104 \r
 105   public void setDisplayText(boolean state)\r
 106   {\r
 107     displayText = state;\r
 108   }\r
 109 \r
 110   public boolean getDisplayText()\r
 111   {\r
 112     return displayText;\r
 113   }\r
 114 \r
 115   public void setDisplayBoxes(boolean state)\r
 116   {\r
 117     displayBoxes = state;\r
 118   }\r
 119 \r
 120   public boolean getDisplayBoxes()\r
 121   {\r
 122     return displayBoxes;\r
 123   }\r
 124 \r
 125   public int getStartRes()\r
 126   {\r
 127     return startRes;\r
 128   }\r
 129 \r
 130   public int getEndRes()\r
 131   {\r
 132     return endRes;\r
 133   }\r
 134 \r
 135   public void setStartRes(int i)\r
 136   {\r
 137     startRes = i;\r
 138   }\r
 139 \r
 140   public void setEndRes(int i)\r
 141   {\r
 142     endRes = i;\r
 143   }\r
 144 \r
 145   public int getSize()\r
 146   {\r
 147     return sequences.size();\r
 148   }\r
 149 \r
 150   public SequenceI getSequenceAt(int i)\r
 151   {\r
 152     return (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 153   }\r
 154 \r
 155   public Vector getAAFrequency()\r
 156   {\r
 157     if (aaFrequency == null || aaFrequencyValid == false)\r
 158     {\r
 159       aaFrequency = AAFrequency.calculate(sequences, 0, getWidth());\r
 160       aaFrequencyValid = true;\r
 161     }\r
 162     return aaFrequency;\r
 163   }\r
 164 \r
 165   public int getWidth()\r
 166   {\r
 167     System.out.println("it is called");\r
 168     // MC This needs to get reset when characters are inserted and deleted\r
 169     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 170     {\r
 171       SequenceI seq = (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 172       if (seq.getLength() > width)\r
 173         width = seq.getLength();\r
 174     }\r
 175     return width;\r
 176   }\r
 177 }\r