don't use setdefaultlookandfeeldecorated, its buggy
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / SequenceGroup.java
1 package jalview.datamodel;\r
2 \r
3 import jalview.jbgui.*;\r
4 import jalview.schemes.*;\r
5 import jalview.analysis.*;\r
6 import jalview.datamodel.*;\r
7 \r
8 import java.util.Vector;\r
9 import java.awt.*;\r
10 \r
11 public class SequenceGroup {\r
12     boolean isSelected;\r
13     boolean displayBoxes;\r
14     boolean displayText;\r
15     boolean colourText;\r
16     boolean display;\r
17     Conservation conserve;\r
18     Vector   aaFrequency;\r
19     boolean     aaFrequencyValid = false;\r
20     Vector sequences = new Vector();\r
21     int         width = -1;\r
22 \r
23 \r
24   public SequenceGroup() {\r
25     this.isSelected = false;\r
26     this.displayBoxes = true;\r
27     this.displayText = true;\r
28     this.colourText = false;\r
29     this.display = true;\r
30   }\r
31 \r
32   public SequenceGroup( ColourSchemeI scheme, boolean isSelected,\r
33                         boolean displayBoxes, boolean displayText,\r
34                         boolean colourText,\r
35                         boolean display) {\r
36 \r
37     this.isSelected = isSelected;\r
38     this.displayBoxes = displayBoxes;\r
39     this.displayText = displayText;\r
40     this.colourText = colourText;\r
41     this.display = display;\r
42   }\r
43 \r
44   public Conservation getConservation() {\r
45      return conserve;\r
46   }\r
47   public void addSequence(SequenceI s) {\r
48     sequences.addElement(s);\r
49   }\r
50 \r
51   public void deleteSequence(SequenceI s) {\r
52     sequences.removeElement(s);\r
53   }\r
54 \r
55   public void setColourText(boolean state) {\r
56     colourText = state;\r
57   }\r
58   public boolean getColourText() {\r
59     return colourText;\r
60   }\r
61 \r
62   public void setDisplayText(boolean state) {\r
63     displayText = state;\r
64   }\r
65 \r
66   public boolean getDisplayText() {\r
67     return displayText;\r
68   }\r
69 \r
70   public void setDisplayBoxes(boolean state) {\r
71     displayBoxes = state;\r
72   }\r
73 \r
74   public boolean getDisplayBoxes() {\r
75     return displayBoxes;\r
76   }\r
77 \r
78     public int getSize() {\r
79         return sequences.size();\r
80     }\r
81     public SequenceI  getSequenceAt(int i) {\r
82         return (SequenceI)sequences.elementAt(i);\r
83     }\r
84 \r
85     public Vector getAAFrequency() {\r
86         if (aaFrequency == null || aaFrequencyValid == false) {\r
87             aaFrequency = AAFrequency.calculate(sequences,1,getWidth());\r
88             aaFrequencyValid = true;\r
89         }\r
90         return aaFrequency;\r
91     }\r
92     public int getWidth() {\r
93         // MC This needs to get reset when characters are inserted and deleted\r
94         if (width == -1) {\r
95             for (int i = 0; i < sequences.size(); i++) {\r
96                 SequenceI seq = (SequenceI)sequences.elementAt(i);\r
97                 if (seq.getLength() > width) {\r
98                     width = seq.getLength();\r
99                 }\r
100             }\r
101         }\r
102 \r
103         return width;\r
104     }\r
105 }\r
106 \r
107 \r