src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 \r
   8 import java.util.Vector;\r
   9 import java.awt.*;\r
  10 \r
  11 public class SequenceGroup {\r
  12     boolean isSelected;\r
  13     boolean displayBoxes;\r
  14     boolean displayText;\r
  15     boolean colourText;\r
  16     boolean display;\r
  17     Conservation conserve;\r
  18     Vector   aaFrequency;\r
  19     boolean     aaFrequencyValid = false;\r
  20     Vector sequences = new Vector();\r
  21     int         width = -1;\r
  22 \r
  23 \r
  24   public SequenceGroup() {\r
  25     this.isSelected = false;\r
  26     this.displayBoxes = true;\r
  27     this.displayText = true;\r
  28     this.colourText = false;\r
  29     this.display = true;\r
  30   }\r
  31 \r
  32   public SequenceGroup( ColourSchemeI scheme, boolean isSelected,\r
  33                         boolean displayBoxes, boolean displayText,\r
  34                         boolean colourText,\r
  35                         boolean display) {\r
  36 \r
  37     this.isSelected = isSelected;\r
  38     this.displayBoxes = displayBoxes;\r
  39     this.displayText = displayText;\r
  40     this.colourText = colourText;\r
  41     this.display = display;\r
  42   }\r
  43 \r
  44   public Conservation getConservation() {\r
  45      return conserve;\r
  46   }\r
  47   public void addSequence(SequenceI s) {\r
  48     sequences.addElement(s);\r
  49   }\r
  50 \r
  51   public void deleteSequence(SequenceI s) {\r
  52     sequences.removeElement(s);\r
  53   }\r
  54 \r
  55   public void setColourText(boolean state) {\r
  56     colourText = state;\r
  57   }\r
  58   public boolean getColourText() {\r
  59     return colourText;\r
  60   }\r
  61 \r
  62   public void setDisplayText(boolean state) {\r
  63     displayText = state;\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public boolean getDisplayText() {\r
  67     return displayText;\r
  68   }\r
  69 \r
  70   public void setDisplayBoxes(boolean state) {\r
  71     displayBoxes = state;\r
  72   }\r
  73 \r
  74   public boolean getDisplayBoxes() {\r
  75     return displayBoxes;\r
  76   }\r
  77 \r
  78     public int getSize() {\r
  79         return sequences.size();\r
  80     }\r
  81     public SequenceI  getSequenceAt(int i) {\r
  82         return (SequenceI)sequences.elementAt(i);\r
  83     }\r
  84 \r
  85     public Vector getAAFrequency() {\r
  86         if (aaFrequency == null || aaFrequencyValid == false) {\r
  87             aaFrequency = AAFrequency.calculate(sequences,1,getWidth());\r
  88             aaFrequencyValid = true;\r
  89         }\r
  90         return aaFrequency;\r
  91     }\r
  92     public int getWidth() {\r
  93         // MC This needs to get reset when characters are inserted and deleted\r
  94         if (width == -1) {\r
  95             for (int i = 0; i < sequences.size(); i++) {\r
  96                 SequenceI seq = (SequenceI)sequences.elementAt(i);\r
  97                 if (seq.getLength() > width) {\r
  98                     width = seq.getLength();\r
  99                 }\r
 100             }\r
 101         }\r
 102 \r
 103         return width;\r
 104     }\r
 105 }\r
 106 \r
 107 \r