src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import jalview.schemes.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import java.util.Vector;\r
   7 \r
   8 public class SequenceGroup\r
   9 {\r
  10   String groupName;\r
  11   boolean isSelected;\r
  12   boolean displayBoxes;\r
  13   boolean displayText;\r
  14   boolean colourText;\r
  15   boolean display;\r
  16   Conservation conserve;\r
  17   Vector aaFrequency;\r
  18   boolean aaFrequencyValid = false;\r
  19   public Vector sequences = new Vector();\r
  20   int width = -1;\r
  21   public ColourSchemeI cs;\r
  22   int startRes = 20;\r
  23   int endRes = 35;\r
  24 \r
  25   public SequenceGroup()\r
  26   {\r
  27     groupName = "Group";\r
  28     this.isSelected = false;\r
  29     this.displayBoxes = true;\r
  30     this.displayText = true;\r
  31     this.colourText = false;\r
  32     this.display = true;\r
  33     cs = null;\r
  34   }\r
  35 \r
  36   public SequenceGroup(String groupName, ColourSchemeI scheme,\r
  37                        boolean isSelected,\r
  38                        boolean displayBoxes, boolean displayText,\r
  39                        boolean colourText,\r
  40                        boolean display)\r
  41   {\r
  42 \r
  43     this.groupName = groupName;\r
  44     this.isSelected = isSelected;\r
  45     this.displayBoxes = displayBoxes;\r
  46     this.displayText = displayText;\r
  47     this.colourText = colourText;\r
  48     this.display = display;\r
  49     this.cs = scheme;\r
  50   }\r
  51 \r
  52   public String getName()\r
  53   {\r
  54     return groupName;\r
  55   }\r
  56 \r
  57   public void setName(String name)\r
  58   {\r
  59     groupName = name;\r
  60   }\r
  61 \r
  62   public Conservation getConservation()\r
  63   {\r
  64     return conserve;\r
  65   }\r
  66 \r
  67   public void setConservation(Conservation c)\r
  68   {\r
  69     conserve = c;\r
  70   }\r
  71 \r
  72   public void addSequence(SequenceI s)\r
  73   {\r
  74     if(!sequences.contains(s))\r
  75       sequences.addElement(s);\r
  76   }\r
  77 \r
  78   public void deleteSequence(SequenceI s)\r
  79   {\r
  80     sequences.removeElement(s);\r
  81   }\r
  82 \r
  83   public void setColourText(boolean state)\r
  84   {\r
  85     colourText = state;\r
  86   }\r
  87 \r
  88   public boolean getColourText()\r
  89   {\r
  90     return colourText;\r
  91   }\r
  92 \r
  93   public void setDisplayText(boolean state)\r
  94   {\r
  95     displayText = state;\r
  96   }\r
  97 \r
  98   public boolean getDisplayText()\r
  99   {\r
 100     return displayText;\r
 101   }\r
 102 \r
 103   public void setDisplayBoxes(boolean state)\r
 104   {\r
 105     displayBoxes = state;\r
 106   }\r
 107 \r
 108   public boolean getDisplayBoxes()\r
 109   {\r
 110     return displayBoxes;\r
 111   }\r
 112 \r
 113   public int getStartRes()\r
 114   {\r
 115     return startRes;\r
 116   }\r
 117 \r
 118   public int getEndRes()\r
 119   {\r
 120     return endRes;\r
 121   }\r
 122 \r
 123   public void setStartRes(int i)\r
 124   {\r
 125     startRes = i;\r
 126   }\r
 127 \r
 128   public void setEndRes(int i)\r
 129   {\r
 130     endRes = i;\r
 131   }\r
 132 \r
 133   public int getSize()\r
 134   {\r
 135     return sequences.size();\r
 136   }\r
 137 \r
 138   public SequenceI getSequenceAt(int i)\r
 139   {\r
 140     return (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 141   }\r
 142 \r
 143   public Vector getAAFrequency()\r
 144   {\r
 145     if (aaFrequency == null || aaFrequencyValid == false)\r
 146     {\r
 147       aaFrequency = AAFrequency.calculate(sequences, 0, getWidth());\r
 148       aaFrequencyValid = true;\r
 149     }\r
 150     return aaFrequency;\r
 151   }\r
 152 \r
 153   public int getWidth()\r
 154   {\r
 155     System.out.println("it is called");\r
 156     // MC This needs to get reset when characters are inserted and deleted\r
 157     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 158     {\r
 159       SequenceI seq = (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 160       if (seq.getLength() > width)\r
 161         width = seq.getLength();\r
 162     }\r
 163     return width;\r
 164   }\r
 165 }\r