src/jalview/datamodel/SequenceI.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.*;\r
   4 import java.awt.*;\r
   5 \r
   6 import java.util.Vector;\r
   7 \r
   8 public interface SequenceI {\r
   9   public void        setName(String name);\r
  10   public String      getName();\r
  11 \r
  12   public void        setStart(int start);\r
  13   public int         getStart();\r
  14 \r
  15   public String      getDisplayId();\r
  16 \r
  17   public void        setEnd(int end);\r
  18   public int         getEnd();\r
  19 \r
  20   public int         getLength();\r
  21 \r
  22   public void        setSequence(String sequence);\r
  23   public String      getSequence();\r
  24   public String      getSequence(int start,int end);\r
  25   public char        getCharAt(int i);\r
  26 \r
  27   public void        setDescription(String desc);\r
  28   public String      getDescription();\r
  29 \r
  30   public int         findIndex(int pos);\r
  31   public int         findPosition(int i);\r
  32   public int[]         gapMap();\r
  33   public void       deleteChars(int i, int j);\r
  34   public void       deleteCharAt(int i);\r
  35   public void       insertCharAt(int i, char c);\r
  36   public void       insertCharAt(int i,char c,boolean chop);\r
  37 \r
  38   public void        setColor(Color c);\r
  39   public Color       getColor();\r
  40 \r
  41   public Vector     getSequenceFeatures();\r
  42   public void       setSequenceFeatures(Vector v);\r
  43 \r
  44   public void setPDBId(String id);\r
  45   public String getPDBId();\r
  46 \r
  47   }\r
  48 \r
  49 \r
  50 \r
  51 \r
  52 \r
  53 \r
  54 \r
  55 \r
  56 \r
  57 \r
  58 \r