pid and conservation changes
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / SequenceI.java
1 package jalview.datamodel;\r
2 \r
3 import jalview.jbgui.*;\r
4 import java.awt.*;\r
5 \r
6 import java.util.Vector;\r
7 \r
8 public interface SequenceI {\r
9   public void        setName(String name);\r
10   public String      getName();\r
11 \r
12   public void        setStart(int start);\r
13   public int         getStart();\r
14 \r
15   public String      getDisplayId();\r
16 \r
17   public void        setEnd(int end);\r
18   public int         getEnd();\r
19 \r
20   public int         getLength();\r
21 \r
22   public void        setSequence(String sequence);\r
23   public String      getSequence();\r
24   public String      getSequence(int start,int end);\r
25   public char        getCharAt(int i);\r
26 \r
27   public void        setDescription(String desc);\r
28   public String      getDescription();\r
29 \r
30   public int         findIndex(int pos);\r
31   public int         findPosition(int i);\r
32   public int[]         gapMap();\r
33   public void       deleteChars(int i, int j);\r
34   public void       deleteCharAt(int i);\r
35   public void       insertCharAt(int i, char c);\r
36   public void       insertCharAt(int i,char c,boolean chop);\r
37 \r
38   public void        setColor(Color c);\r
39   public Color       getColor();\r
40 \r
41   public Vector     getSequenceFeatures();\r
42   public void       setSequenceFeatures(Vector v);\r
43 \r
44   public void setPDBId(String id);\r
45   public String getPDBId();\r
46 \r
47   }\r
48 \r
49 \r
50 \r
51 \r
52 \r
53 \r
54 \r
55 \r
56 \r
57 \r
58 \r