src/jalview/datamodel/SequenceI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24
  25
  26 /**
  27  * DOCUMENT ME!
  28  *
  29  * @author $author$
  30  * @version $Revision$
  31  */
  32 public interface SequenceI
  33 {
  34     /**
  35      * DOCUMENT ME!
  36      *
  37      * @param name DOCUMENT ME!
  38      */
  39     public void setName(String name);
  40
  41     /**
  42      * DOCUMENT ME!
  43      *
  44      * @return DOCUMENT ME!
  45      */
  46     public String getName();
  47
  48
  49     /**
  50      * DOCUMENT ME!
  51      *
  52      * @param start DOCUMENT ME!
  53      */
  54     public void setStart(int start);
  55
  56     /**
  57      * DOCUMENT ME!
  58      *
  59      * @return DOCUMENT ME!
  60      */
  61     public int getStart();
  62
  63     /**
  64      * DOCUMENT ME!
  65      *
  66      * @return DOCUMENT ME!
  67      */
  68     public String getDisplayId(boolean jvsuffix);
  69
  70     /**
  71      * DOCUMENT ME!
  72      *
  73      * @param end DOCUMENT ME!
  74      */
  75     public void setEnd(int end);
  76
  77     /**
  78      * DOCUMENT ME!
  79      *
  80      * @return DOCUMENT ME!
  81      */
  82     public int getEnd();
  83
  84     /**
  85      * DOCUMENT ME!
  86      *
  87      * @return DOCUMENT ME!
  88      */
  89     public int getLength();
  90
  91     /**
  92      * DOCUMENT ME!
  93      *
  94      * @param sequence DOCUMENT ME!
  95      */
  96     public void setSequence(String sequence);
  97
  98     /**
  99      * DOCUMENT ME!
 100      *
 101      * @return DOCUMENT ME!
 102      */
 103     public String getSequence();
 104
 105     /**
 106      * DOCUMENT ME!
 107      *
 108      * @param start DOCUMENT ME!
 109      * @param end DOCUMENT ME!
 110      *
 111      * @return DOCUMENT ME!
 112      */
 113     public String getSequence(int start, int end);
 114     /**
 115      * create a new sequence object from start to end of this sequence
 116      * @param start int
 117      * @param end int
 118      * @return SequenceI
 119      */
 120     public SequenceI getSubSequence(int start, int end);
 121     /**
 122      * DOCUMENT ME!
 123      *
 124      * @param i DOCUMENT ME!
 125      *
 126      * @return DOCUMENT ME!
 127      */
 128     public char getCharAt(int i);
 129
 130     /**
 131      * DOCUMENT ME!
 132      *
 133      * @param desc DOCUMENT ME!
 134      */
 135     public void setDescription(String desc);
 136
 137     /**
 138      * DOCUMENT ME!
 139      *
 140      * @return DOCUMENT ME!
 141      */
 142     public String getDescription();
 143
 144     /**
 145      * DOCUMENT ME!
 146      *
 147      * @param pos DOCUMENT ME!
 148      *
 149      * @return DOCUMENT ME!
 150      */
 151     public int findIndex(int pos);
 152
 153     /**
 154      * Returns the sequence position for an alignment position
 155      *
 156      * @param i column index in alignment (from 1)
 157      *
 158      * @return residue number for residue (left of and) nearest ith column
 159      */
 160     public int findPosition(int i);
 161
 162     /**
 163      * Returns an int array where indices correspond to each residue in the sequence and the element value gives its position in the alignment
 164      *
 165      * @return int[SequenceI.getEnd()-SequenceI.getStart()+1] or null if no residues in SequenceI object
 166      */
 167     public int[] gapMap();
 168
 169     /**
 170      * DOCUMENT ME!
 171      *
 172      * @param i DOCUMENT ME!
 173      * @param j DOCUMENT ME!
 174      */
 175     public void deleteChars(int i, int j);
 176
 177     /**
 178      * DOCUMENT ME!
 179      *
 180      * @param i DOCUMENT ME!
 181      */
 182     public void deleteCharAt(int i);
 183
 184     /**
 185      * DOCUMENT ME!
 186      *
 187      * @param i DOCUMENT ME!
 188      * @param c DOCUMENT ME!
 189      */
 190     public void insertCharAt(int i, char c);
 191
 192     /**
 193      * DOCUMENT ME!
 194      *
 195      * @param i DOCUMENT ME!
 196      * @param c DOCUMENT ME!
 197      */
 198     public void insertCharAt(int i, int length, char c);
 199
 200
 201     /**
 202      * DOCUMENT ME!
 203      *
 204      * @return DOCUMENT ME!
 205      */
 206     public SequenceFeature[] getSequenceFeatures();
 207
 208     /**
 209      * DOCUMENT ME!
 210      *
 211      * @param v DOCUMENT ME!
 212      */
 213     public void setSequenceFeatures(SequenceFeature [] features);
 214
 215     /**
 216      * DOCUMENT ME!
 217      *
 218      * @param id DOCUMENT ME!
 219      */
 220     public void setPDBId(Vector ids);
 221
 222     /**
 223      * DOCUMENT ME!
 224      *
 225      * @return DOCUMENT ME!
 226      */
 227     public Vector getPDBId();
 228
 229     public void addPDBId(PDBEntry entry);
 230
 231     public String getVamsasId();
 232
 233     public void setVamsasId(String id);
 234
 235     public void setDBRef(DBRefEntry[] dbs);
 236
 237     public DBRefEntry [] getDBRef();
 238
 239     public void addDBRef(DBRefEntry entry);
 240
 241     public void addSequenceFeature(SequenceFeature sf);
 242
 243     public void deleteFeature(SequenceFeature sf);
 244
 245     public void setDatasetSequence(SequenceI seq);
 246
 247     public SequenceI getDatasetSequence();
 248
 249     public AlignmentAnnotation [] getAnnotation();
 250
 251     public void addAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation annotation);
 252
 253     public SequenceGroup getHiddenSequences();
 254
 255     public void addHiddenSequence(SequenceI seq);
 256
 257     public void showHiddenSequence(SequenceI seq);
 258
 259 }