Takes string[] instead of seq[]
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / SequenceNode.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.datamodel;\r
20 \r
21 import java.awt.*;\r
22 \r
23 \r
24 /**\r
25  * DOCUMENT ME!\r
26  *\r
27  * @author $author$\r
28  * @version $Revision$\r
29  */\r
30 public class SequenceNode extends BinaryNode\r
31 {\r
32     /** DOCUMENT ME!! */\r
33     public float dist;\r
34 \r
35     /** DOCUMENT ME!! */\r
36     public int count;\r
37 \r
38     /** DOCUMENT ME!! */\r
39     public float height;\r
40 \r
41     /** DOCUMENT ME!! */\r
42     public float ycount;\r
43 \r
44     /** DOCUMENT ME!! */\r
45     public Color color = Color.black;\r
46 \r
47     /** DOCUMENT ME!! */\r
48     public boolean dummy = false;\r
49     private boolean placeholder = false;\r
50 \r
51     /**\r
52      * Creates a new SequenceNode object.\r
53      */\r
54     public SequenceNode()\r
55     {\r
56         super();\r
57     }\r
58 \r
59     /**\r
60      * Creates a new SequenceNode object.\r
61      *\r
62      * @param val DOCUMENT ME!\r
63      * @param parent DOCUMENT ME!\r
64      * @param dist DOCUMENT ME!\r
65      * @param name DOCUMENT ME!\r
66      */\r
67     public SequenceNode(Object val, SequenceNode parent, float dist, String name)\r
68     {\r
69         super(val, parent, name);\r
70         this.dist = dist;\r
71     }\r
72 \r
73     /**\r
74      * Creates a new SequenceNode object.\r
75      *\r
76      * @param val DOCUMENT ME!\r
77      * @param parent DOCUMENT ME!\r
78      * @param name DOCUMENT ME!\r
79      * @param dist DOCUMENT ME!\r
80      * @param bootstrap DOCUMENT ME!\r
81      * @param dummy DOCUMENT ME!\r
82      */\r
83     public SequenceNode(Object val, SequenceNode parent, String name,\r
84         float dist, int bootstrap, boolean dummy)\r
85     {\r
86         super(val, parent, name);\r
87         this.dist = dist;\r
88         this.bootstrap = bootstrap;\r
89         this.dummy = dummy;\r
90     }\r
91 \r
92     /**\r
93      * @param dummy true if node is created for the representation of polytomous trees\r
94      */\r
95     public boolean isDummy()\r
96     {\r
97         return dummy;\r
98     }\r
99 \r
100     /* @param placeholder is true if the sequence refered to in the\r
101      *  element node is not actually present in the associated alignment\r
102      */\r
103     public boolean isPlaceholder()\r
104     {\r
105         return placeholder;\r
106     }\r
107 \r
108     /**\r
109      * DOCUMENT ME!\r
110      *\r
111      * @param newstate DOCUMENT ME!\r
112      *\r
113      * @return DOCUMENT ME!\r
114      */\r
115     public boolean setDummy(boolean newstate)\r
116     {\r
117         boolean oldstate = dummy;\r
118         dummy = newstate;\r
119 \r
120         return oldstate;\r
121     }\r
122 \r
123     /**\r
124      * DOCUMENT ME!\r
125      *\r
126      * @param Placeholder DOCUMENT ME!\r
127      */\r
128     public void setPlaceholder(boolean Placeholder)\r
129     {\r
130         this.placeholder = Placeholder;\r
131     }\r
132 \r
133     /**\r
134      * ascends the tree but doesn't stop until a non-dummy node is discovered.\r
135      * This will probably break if the tree is a mixture of BinaryNodes and SequenceNodes.\r
136      */\r
137     public SequenceNode AscendTree()\r
138     {\r
139         SequenceNode c = this;\r
140 \r
141         do\r
142         {\r
143             c = (SequenceNode) c.parent();\r
144         }\r
145         while ((c != null) && c.dummy);\r
146 \r
147         return c;\r
148     }\r
149 }\r