src/jalview/datamodel/SequenceNode.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 \r
   5 public class SequenceNode extends BinaryNode {\r
   6 \r
   7   public float dist;\r
   8   public int count;\r
   9   public float height;\r
  10   public float ycount;\r
  11   public Color color = Color.black;\r
  12   public boolean dummy = false;\r
  13   private boolean placeholder = false;\r
  14 \r
  15   public SequenceNode() {\r
  16     super();\r
  17   }\r
  18 \r
  19   public SequenceNode(Object val, SequenceNode parent, float dist,String name) {\r
  20     super(val,parent,name);\r
  21     this.dist = dist;\r
  22   }\r
  23   public SequenceNode(Object val, SequenceNode parent, String name, float dist, int bootstrap, boolean dummy) {\r
  24     super(val,parent,name);\r
  25     this.dist = dist;\r
  26     this.bootstrap = bootstrap;\r
  27     this.dummy = dummy;\r
  28   }\r
  29 \r
  30 \r
  31   /**\r
  32    * @param dummy true if node is created for the representation of polytomous trees\r
  33    */\r
  34 \r
  35   public boolean isDummy() {\r
  36     return dummy;\r
  37   }\r
  38   /* @param placeholder is true if the sequence refered to in the\r
  39    *  element node is not actually present in the associated alignment\r
  40    */\r
  41   public boolean isPlaceholder()\r
  42   {\r
  43     return placeholder;\r
  44   }\r
  45 \r
  46   public boolean setDummy(boolean newstate) {\r
  47     boolean oldstate = dummy;\r
  48     dummy = newstate;\r
  49     return oldstate;\r
  50   }\r
  51 \r
  52   public void setPlaceholder(boolean Placeholder)\r
  53   {\r
  54     this.placeholder = Placeholder;\r
  55   }\r
  56 \r
  57   /**\r
  58    * ascends the tree but doesn't stop until a non-dummy node is discovered.\r
  59    * This will probably break if the tree is a mixture of BinaryNodes and SequenceNodes.\r
  60    */\r
  61 \r
  62   public SequenceNode AscendTree() {\r
  63     SequenceNode c = this;\r
  64     do {\r
  65       c = (SequenceNode) c.parent();\r
  66     } while (c!=null && c.dummy);\r
  67     return c;\r
  68   }\r
  69 }\r