JAL-972 workaround for working out source URL for pre DAS 1.6 sources.
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / SequencePoint.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10  * 
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  */
18 package jalview.datamodel;
19
20 /**
21  * DOCUMENT ME!
22  * 
23  * @author $author$
24  * @version $Revision$
25  */
26 public class SequencePoint
27 {
28   // SMJS PUBLIC
29   /**
30    * for points with no real physical association with an alignment sequence
31    */
32   public boolean isPlaceholder = false;
33
34   /**
35    * Associated alignment sequence, or dummy sequence object.
36    */
37   public SequenceI sequence;
38
39   /**
40    * array of coordinates in embedded sequence space.
41    */
42   public float[] coord;
43
44   // SMJS ENDPUBLIC
45   public SequencePoint(SequenceI sequence, float[] coord)
46   {
47     this.sequence = sequence;
48     this.coord = coord;
49   }
50 }