src/jalview/datamodel/SequencePoint.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.datamodel;
  19
  20 /**
  21  * DOCUMENT ME!
  22  *
  23  * @author $author$
  24  * @version $Revision$
  25  */
  26 public class SequencePoint
  27 {
  28   // SMJS PUBLIC
  29   /**
  30    * for points with no real physical association with an alignment sequence
  31    */
  32   public boolean isPlaceholder = false;
  33
  34   /**
  35    * Associated alignment sequence, or dummy sequence object.
  36    */
  37   public SequenceI sequence;
  38
  39   /**
  40    * array of coordinates in embedded sequence space.
  41    */
  42   public float[] coord;
  43
  44   // SMJS ENDPUBLIC
  45   public SequencePoint(SequenceI sequence, float[] coord)
  46   {
  47     this.sequence = sequence;
  48     this.coord = coord;
  49   }
  50 }