JAL-3949 fixed failing commandlinetests due to more output and line count limit
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / SequencePoint.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 /**
24  * A bean that models a set of (x, y, z) values and a reference to a sequence.
25  * As used in Principal Component Analysis, the (x, y, z) values are the
26  * sequence's score for the currently selected first, second and third
27  * dimensions of the PCA.
28  */
29 public class SequencePoint
30 {
31   /*
32    * Associated alignment sequence, or dummy sequence object
33    */
34   private final SequenceI sequence;
35
36   /*
37    * x, y, z values
38    */
39   public Point coord;
40
41   /**
42    * Constructor
43    * 
44    * @param sequence
45    * @param coord
46    */
47   public SequencePoint(SequenceI sequence, Point pt)
48   {
49     this.sequence = sequence;
50     this.coord = pt;
51   }
52
53   /**
54    * Constructor given a sequence and an array of x, y, z coordinate positions
55    * 
56    * @param sequence
57    * @param coords
58    * @throws ArrayIndexOutOfBoundsException
59    *           if array length is less than 3
60    */
61   public SequencePoint(SequenceI sequence, float[] coords)
62   {
63     this(sequence, new Point(coords[0], coords[1], coords[2]));
64   }
65
66   public SequenceI getSequence()
67   {
68     return sequence;
69   }
70
71   /**
72    * Applies a translation to the (x, y, z) coordinates
73    * 
74    * @param centre
75    */
76   public void translate(float x, float y, float z)
77   {
78     coord = new Point(coord.x + x, coord.y + y, coord.z + z);
79   }
80
81   /**
82    * string representation for ease of inspection in debugging or logging only
83    */
84   @Override
85   public String toString()
86   {
87     return sequence.getName() + " " + coord.toString();
88   }
89 }