src/jalview/datamodel/SequencePoint.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 /**
  24  * DOCUMENT ME!
  25  *
  26  * @author $author$
  27  * @version $Revision$
  28  */
  29 public class SequencePoint
  30 {
  31   // SMJS PUBLIC
  32   /**
  33    * for points with no real physical association with an alignment sequence
  34    */
  35   public boolean isPlaceholder = false;
  36
  37   /**
  38    * Associated alignment sequence, or dummy sequence object.
  39    */
  40   public SequenceI sequence;
  41
  42   /**
  43    * array of coordinates in embedded sequence space.
  44    */
  45   public float[] coord;
  46
  47   // SMJS ENDPUBLIC
  48   public SequencePoint(SequenceI sequence, float[] coord)
  49   {
  50     this.sequence = sequence;
  51     this.coord = coord;
  52   }
  53 }