src/jalview/datamodel/StructureViewerModel.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.List;
   7 import java.util.Map;
   8
   9 /**
  10  * A data bean to hold stored data about a structure viewer.
  11  */
  12 public class StructureViewerModel
  13 {
  14   private int x;
  15
  16   private int y;
  17
  18   private int width;
  19
  20   private int height;
  21
  22   private boolean alignWithPanel;
  23
  24   private boolean colourWithAlignPanel;
  25
  26   private boolean colourByViewer;
  27
  28   private String stateData = "";
  29
  30   private String viewId;
  31
  32   // CHIMERA or JMOL (for projects from Jalview 2.9 on)
  33   private String type;
  34
  35   private Map<File, StructureData> fileData = new HashMap<File, StructureData>();
  36
  37   public class StructureData
  38   {
  39     private String filePath;
  40
  41     private String pdbId;
  42
  43     private List<SequenceI> seqList;
  44     // TODO and possibly a list of chains?
  45
  46     /**
  47      * Constructor given structure file path and id.
  48      *
  49      * @param pdbFile
  50      * @param id
  51      */
  52     public StructureData(String pdbFile, String id)
  53     {
  54       this.filePath = pdbFile;
  55       this.pdbId = id;
  56       this.seqList = new ArrayList<SequenceI>();
  57     }
  58
  59     public String getFilePath()
  60     {
  61       return filePath;
  62     }
  63
  64     protected void setFilePath(String filePath)
  65     {
  66       this.filePath = filePath;
  67     }
  68
  69     public String getPdbId()
  70     {
  71       return pdbId;
  72     }
  73
  74     protected void setPdbId(String pdbId)
  75     {
  76       this.pdbId = pdbId;
  77     }
  78
  79     public List<SequenceI> getSeqList()
  80     {
  81       return seqList;
  82     }
  83
  84     protected void setSeqList(List<SequenceI> seqList)
  85     {
  86       this.seqList = seqList;
  87     }
  88   }
  89
  90   public StructureViewerModel(int x, int y, int width, int height,
  91           boolean alignWithPanel, boolean colourWithAlignPanel,
  92           boolean colourByViewer, String viewId, String type)
  93   {
  94     this.x = x;
  95     this.y = y;
  96     this.width = width;
  97     this.height = height;
  98     this.alignWithPanel = alignWithPanel;
  99     this.colourWithAlignPanel = colourWithAlignPanel;
 100     this.colourByViewer = colourByViewer;
 101     this.viewId = viewId;
 102     this.type = type;
 103   }
 104
 105   public int getX()
 106   {
 107     return x;
 108   }
 109
 110   protected void setX(int x)
 111   {
 112     this.x = x;
 113   }
 114
 115   public int getY()
 116   {
 117     return y;
 118   }
 119
 120   protected void setY(int y)
 121   {
 122     this.y = y;
 123   }
 124
 125   public int getWidth()
 126   {
 127     return width;
 128   }
 129
 130   protected void setWidth(int width)
 131   {
 132     this.width = width;
 133   }
 134
 135   public int getHeight()
 136   {
 137     return height;
 138   }
 139
 140   public void setHeight(int height)
 141   {
 142     this.height = height;
 143   }
 144
 145   public boolean isAlignWithPanel()
 146   {
 147     return alignWithPanel;
 148   }
 149
 150   public void setAlignWithPanel(boolean alignWithPanel)
 151   {
 152     this.alignWithPanel = alignWithPanel;
 153   }
 154
 155   public boolean isColourWithAlignPanel()
 156   {
 157     return colourWithAlignPanel;
 158   }
 159
 160   public void setColourWithAlignPanel(boolean colourWithAlignPanel)
 161   {
 162     this.colourWithAlignPanel = colourWithAlignPanel;
 163   }
 164
 165   public boolean isColourByViewer()
 166   {
 167     return colourByViewer;
 168   }
 169
 170   public void setColourByViewer(boolean colourByViewer)
 171   {
 172     this.colourByViewer = colourByViewer;
 173   }
 174
 175   public String getStateData()
 176   {
 177     return stateData;
 178   }
 179
 180   public void setStateData(String stateData)
 181   {
 182     this.stateData = stateData;
 183   }
 184
 185   public Map<File, StructureData> getFileData()
 186   {
 187     return fileData;
 188   }
 189
 190   protected void setFileData(Map<File, StructureData> fileData)
 191   {
 192     this.fileData = fileData;
 193   }
 194
 195   public String getViewId()
 196   {
 197     return this.viewId;
 198   }
 199
 200   public String getType()
 201   {
 202     return this.type;
 203   }
 204 }