src/jalview/datamodel/StructureViewerModel.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.List;
   7 import java.util.Map;
   8
   9 /**
  10  * A data bean to hold stored data about a structure viewer.
  11  */
  12 public class StructureViewerModel
  13 {
  14   private int x;
  15
  16   private int y;
  17
  18   private int width;
  19
  20   private int height;
  21
  22   private boolean alignWithPanel;
  23
  24   private boolean colourWithAlignPanel;
  25
  26   private boolean colourByViewer;
  27
  28   private String stateData = "";
  29
  30   private String viewId;
  31
  32   private Map<File, StructureData> fileData = new HashMap<File, StructureData>();
  33
  34   public class StructureData
  35   {
  36     private String filePath;
  37
  38     private String pdbId;
  39
  40     private List<SequenceI> seqList;
  41     // TODO and possibly a list of chains?
  42
  43     /**
  44      * Constructor given structure file path and id.
  45      *
  46      * @param pdbFile
  47      * @param id
  48      */
  49     public StructureData(String pdbFile, String id)
  50     {
  51       this.filePath = pdbFile;
  52       this.pdbId = id;
  53       this.seqList = new ArrayList<SequenceI>();
  54     }
  55
  56     public String getFilePath()
  57     {
  58       return filePath;
  59     }
  60
  61     protected void setFilePath(String filePath)
  62     {
  63       this.filePath = filePath;
  64     }
  65
  66     public String getPdbId()
  67     {
  68       return pdbId;
  69     }
  70
  71     protected void setPdbId(String pdbId)
  72     {
  73       this.pdbId = pdbId;
  74     }
  75
  76     public List<SequenceI> getSeqList()
  77     {
  78       return seqList;
  79     }
  80
  81     protected void setSeqList(List<SequenceI> seqList)
  82     {
  83       this.seqList = seqList;
  84     }
  85   }
  86
  87   public StructureViewerModel(int x, int y, int width, int height,
  88           boolean alignWithPanel, boolean colourWithAlignPanel,
  89           boolean colourByViewer, String viewId)
  90   {
  91     this.x = x;
  92     this.y = y;
  93     this.width = width;
  94     this.height = height;
  95     this.alignWithPanel = alignWithPanel;
  96     this.colourWithAlignPanel = colourWithAlignPanel;
  97     this.colourByViewer = colourByViewer;
  98     this.viewId = viewId;
  99   }
 100
 101   public int getX()
 102   {
 103     return x;
 104   }
 105
 106   protected void setX(int x)
 107   {
 108     this.x = x;
 109   }
 110
 111   public int getY()
 112   {
 113     return y;
 114   }
 115
 116   protected void setY(int y)
 117   {
 118     this.y = y;
 119   }
 120
 121   public int getWidth()
 122   {
 123     return width;
 124   }
 125
 126   protected void setWidth(int width)
 127   {
 128     this.width = width;
 129   }
 130
 131   public int getHeight()
 132   {
 133     return height;
 134   }
 135
 136   public void setHeight(int height)
 137   {
 138     this.height = height;
 139   }
 140
 141   public boolean isAlignWithPanel()
 142   {
 143     return alignWithPanel;
 144   }
 145
 146   public void setAlignWithPanel(boolean alignWithPanel)
 147   {
 148     this.alignWithPanel = alignWithPanel;
 149   }
 150
 151   public boolean isColourWithAlignPanel()
 152   {
 153     return colourWithAlignPanel;
 154   }
 155
 156   public void setColourWithAlignPanel(boolean colourWithAlignPanel)
 157   {
 158     this.colourWithAlignPanel = colourWithAlignPanel;
 159   }
 160
 161   public boolean isColourByViewer()
 162   {
 163     return colourByViewer;
 164   }
 165
 166   public void setColourByViewer(boolean colourByViewer)
 167   {
 168     this.colourByViewer = colourByViewer;
 169   }
 170
 171   public String getStateData()
 172   {
 173     return stateData;
 174   }
 175
 176   public void setStateData(String stateData)
 177   {
 178     this.stateData = stateData;
 179   }
 180
 181   public Map<File, StructureData> getFileData()
 182   {
 183     return fileData;
 184   }
 185
 186   protected void setFileData(Map<File, StructureData> fileData)
 187   {
 188     this.fileData = fileData;
 189   }
 190
 191   public String getViewId()
 192   {
 193     return this.viewId;
 194   }
 195 }