src/jalview/datamodel/SuperGroup.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import jalview.schemes.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 \r
   8 public class SuperGroup\r
   9 {\r
  10   String groupName;\r
  11   boolean displayBoxes;\r
  12   boolean displayText;\r
  13   boolean colourText;\r
  14   public ColourSchemeI cs;\r
  15   ArrayList sequenceGroups = new ArrayList();\r
  16 \r
  17   public SuperGroup()\r
  18   {\r
  19     groupName = "Super group";\r
  20     this.displayBoxes = true;\r
  21     this.displayText = true;\r
  22     this.colourText = false;\r
  23     cs = null;\r
  24   }\r
  25 \r
  26 \r
  27   public SuperGroup(String groupName, ColourSchemeI scheme,\r
  28                        boolean displayBoxes, boolean displayText,\r
  29                        boolean colourText)\r
  30      {\r
  31        this.groupName = groupName;\r
  32        this.displayBoxes = displayBoxes;\r
  33        this.displayText = displayText;\r
  34        this.colourText = colourText;\r
  35        this.cs = scheme;\r
  36      }\r
  37 \r
  38   public String getName()\r
  39   {\r
  40     return groupName;\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public void setName(String name)\r
  44   {\r
  45     groupName = name;\r
  46   }\r
  47 \r
  48 \r
  49   public void addGroup(SequenceGroup sg)\r
  50   {\r
  51     if(!sequenceGroups.contains(sg))\r
  52       sequenceGroups.add(sg);\r
  53   }\r
  54 \r
  55   public void addOrRemove(SequenceGroup sg)\r
  56   {\r
  57     if(sequenceGroups.contains(sg))\r
  58       deleteGroup(sg);\r
  59     else\r
  60       addGroup(sg);\r
  61   }\r
  62 \r
  63   public void deleteGroup(SequenceGroup sg)\r
  64   {\r
  65     sequenceGroups.remove(sg);\r
  66   }\r
  67 \r
  68   public void setSuperGroupProperties(SequenceGroup sg)\r
  69   {\r
  70     cs = sg.cs;\r
  71     colourText = sg.colourText;\r
  72     displayText = sg.displayText;\r
  73     displayBoxes = sg.displayBoxes;\r
  74 \r
  75     for(int i=0; i<sequenceGroups.size(); i++)\r
  76     {\r
  77       SequenceGroup temp = (SequenceGroup)sequenceGroups.get(i);\r
  78       temp.cs = sg.cs;\r
  79       temp.colourText = sg.colourText;\r
  80       temp.displayText = sg.displayText;\r
  81       temp.displayBoxes = sg.displayBoxes;\r
  82     }\r
  83   }\r
  84 \r
  85 \r
  86   public int getSize()\r
  87   {\r
  88     return sequenceGroups.size();\r
  89   }\r
  90 \r
  91   public SequenceGroup getGroupeAt(int i)\r
  92   {\r
  93     return (SequenceGroup) sequenceGroups.get(i);\r
  94   }\r
  95 }\r