src/jalview/datamodel/SuperGroup.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 public class SuperGroup {\r
  31     String groupName;\r
  32     boolean displayBoxes;\r
  33     boolean displayText;\r
  34     boolean colourText;\r
  35     public ColourSchemeI cs;\r
  36     Vector sequenceGroups = new Vector();\r
  37 \r
  38     public SuperGroup() {\r
  39         groupName = "Super group";\r
  40         this.displayBoxes = true;\r
  41         this.displayText = true;\r
  42         this.colourText = false;\r
  43         cs = null;\r
  44     }\r
  45 \r
  46     public SuperGroup(String groupName, ColourSchemeI scheme,\r
  47         boolean displayBoxes, boolean displayText, boolean colourText) {\r
  48         this.groupName = groupName;\r
  49         this.displayBoxes = displayBoxes;\r
  50         this.displayText = displayText;\r
  51         this.colourText = colourText;\r
  52         this.cs = scheme;\r
  53     }\r
  54 \r
  55     public String getName() {\r
  56         return groupName;\r
  57     }\r
  58 \r
  59     public void setName(String name) {\r
  60         groupName = name;\r
  61     }\r
  62 \r
  63     public void addGroup(SequenceGroup sg) {\r
  64         if (!sequenceGroups.contains(sg)) {\r
  65             sequenceGroups.addElement(sg);\r
  66         }\r
  67     }\r
  68 \r
  69     public void addOrRemove(SequenceGroup sg) {\r
  70         if (sequenceGroups.contains(sg)) {\r
  71             deleteGroup(sg);\r
  72         } else {\r
  73             addGroup(sg);\r
  74         }\r
  75     }\r
  76 \r
  77     public void deleteGroup(SequenceGroup sg) {\r
  78         sequenceGroups.removeElement(sg);\r
  79     }\r
  80 \r
  81     public void setSuperGroupProperties(SequenceGroup sg) {\r
  82         cs = sg.cs;\r
  83         colourText = sg.colourText;\r
  84         displayText = sg.displayText;\r
  85         displayBoxes = sg.displayBoxes;\r
  86 \r
  87         for (int i = 0; i < sequenceGroups.size(); i++) {\r
  88             SequenceGroup temp = (SequenceGroup) sequenceGroups.elementAt(i);\r
  89             temp.cs = sg.cs;\r
  90             temp.colourText = sg.colourText;\r
  91             temp.displayText = sg.displayText;\r
  92             temp.displayBoxes = sg.displayBoxes;\r
  93         }\r
  94     }\r
  95 \r
  96     public int getSize() {\r
  97         return sequenceGroups.size();\r
  98     }\r
  99 \r
 100     public SequenceGroup getGroupeAt(int i) {\r
 101         return (SequenceGroup) sequenceGroups.elementAt(i);\r
 102     }\r
 103 }\r