src/jalview/datamodel/SuperGroup.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.datamodel;\r
  21 \r
  22 import jalview.schemes.*;\r
  23 import jalview.analysis.*;\r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import java.util.*;\r
  26 \r
  27 public class SuperGroup\r
  28 {\r
  29   String groupName;\r
  30   boolean displayBoxes;\r
  31   boolean displayText;\r
  32   boolean colourText;\r
  33   public ColourSchemeI cs;\r
  34   Vector sequenceGroups = new Vector();\r
  35 \r
  36   public SuperGroup()\r
  37   {\r
  38     groupName = "Super group";\r
  39     this.displayBoxes = true;\r
  40     this.displayText = true;\r
  41     this.colourText = false;\r
  42     cs = null;\r
  43   }\r
  44 \r
  45 \r
  46   public SuperGroup(String groupName, ColourSchemeI scheme,\r
  47                        boolean displayBoxes, boolean displayText,\r
  48                        boolean colourText)\r
  49      {\r
  50        this.groupName = groupName;\r
  51        this.displayBoxes = displayBoxes;\r
  52        this.displayText = displayText;\r
  53        this.colourText = colourText;\r
  54        this.cs = scheme;\r
  55      }\r
  56 \r
  57   public String getName()\r
  58   {\r
  59     return groupName;\r
  60   }\r
  61 \r
  62   public void setName(String name)\r
  63   {\r
  64     groupName = name;\r
  65   }\r
  66 \r
  67 \r
  68   public void addGroup(SequenceGroup sg)\r
  69   {\r
  70     if(!sequenceGroups.contains(sg))\r
  71       sequenceGroups.addElement(sg);\r
  72   }\r
  73 \r
  74   public void addOrRemove(SequenceGroup sg)\r
  75   {\r
  76     if(sequenceGroups.contains(sg))\r
  77       deleteGroup(sg);\r
  78     else\r
  79       addGroup(sg);\r
  80   }\r
  81 \r
  82   public void deleteGroup(SequenceGroup sg)\r
  83   {\r
  84     sequenceGroups.removeElement(sg);\r
  85   }\r
  86 \r
  87   public void setSuperGroupProperties(SequenceGroup sg)\r
  88   {\r
  89     cs = sg.cs;\r
  90     colourText = sg.colourText;\r
  91     displayText = sg.displayText;\r
  92     displayBoxes = sg.displayBoxes;\r
  93 \r
  94     for(int i=0; i<sequenceGroups.size(); i++)\r
  95     {\r
  96       SequenceGroup temp = (SequenceGroup)sequenceGroups.elementAt(i);\r
  97       temp.cs = sg.cs;\r
  98       temp.colourText = sg.colourText;\r
  99       temp.displayText = sg.displayText;\r
 100       temp.displayBoxes = sg.displayBoxes;\r
 101     }\r
 102   }\r
 103 \r
 104 \r
 105   public int getSize()\r
 106   {\r
 107     return sequenceGroups.size();\r
 108   }\r
 109 \r
 110   public SequenceGroup getGroupeAt(int i)\r
 111   {\r
 112     return (SequenceGroup) sequenceGroups.elementAt(i);\r
 113   }\r
 114 }\r