src/jalview/datamodel/UniprotEntry.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import java.util.Vector;
  24
  25 /**
  26  * Data model for an entry returned from a Uniprot query
  27  *
  28  * @see uniprot_mapping.xml
  29  */
  30 public class UniprotEntry
  31 {
  32
  33   UniprotSequence sequence;
  34
  35   Vector<String> name;
  36
  37   Vector<String> accession;
  38
  39   Vector<SequenceFeature> feature;
  40
  41   Vector<PDBEntry> dbrefs;
  42
  43   UniprotProteinName protName;
  44
  45   public void setAccession(Vector<String> items)
  46   {
  47     accession = items;
  48   }
  49
  50   public void setFeature(Vector<SequenceFeature> items)
  51   {
  52     feature = items;
  53   }
  54
  55   public Vector<SequenceFeature> getFeature()
  56   {
  57     return feature;
  58   }
  59
  60   public Vector<String> getAccession()
  61   {
  62     return accession;
  63   }
  64
  65   public void setProtein(UniprotProteinName names)
  66   {
  67     protName = names;
  68   }
  69
  70   public UniprotProteinName getProtein()
  71   {
  72     return protName;
  73   }
  74
  75   public void setName(Vector<String> na)
  76   {
  77     name = na;
  78   }
  79
  80   public Vector<String> getName()
  81   {
  82     return name;
  83   }
  84
  85   public UniprotSequence getUniprotSequence()
  86   {
  87     return sequence;
  88   }
  89
  90   public void setUniprotSequence(UniprotSequence seq)
  91   {
  92     sequence = seq;
  93   }
  94
  95   public Vector<PDBEntry> getDbReference()
  96   {
  97     return dbrefs;
  98   }
  99
 100   public void setDbReference(Vector<PDBEntry> dbref)
 101   {
 102     this.dbrefs = dbref;
 103   }
 104
 105 }