JAL-2094 first pass with jalview.api.ColorI interface
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / UniprotEntry.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 import java.util.Vector;
24
25 /**
26  * Data model for an entry returned from a Uniprot query
27  * 
28  * @see uniprot_mapping.xml
29  */
30 public class UniprotEntry
31 {
32
33   UniprotSequence sequence;
34
35   Vector<String> name;
36
37   Vector<String> accession;
38
39   Vector<SequenceFeature> feature;
40
41   Vector<PDBEntry> dbrefs;
42
43   UniprotProteinName protName;
44
45   public void setAccession(Vector<String> items)
46   {
47     accession = items;
48   }
49
50   public void setFeature(Vector<SequenceFeature> items)
51   {
52     feature = items;
53   }
54
55   public Vector<SequenceFeature> getFeature()
56   {
57     return feature;
58   }
59
60   public Vector<String> getAccession()
61   {
62     return accession;
63   }
64
65   public void setProtein(UniprotProteinName names)
66   {
67     protName = names;
68   }
69
70   public UniprotProteinName getProtein()
71   {
72     return protName;
73   }
74
75   public void setName(Vector<String> na)
76   {
77     name = na;
78   }
79
80   public Vector<String> getName()
81   {
82     return name;
83   }
84
85   public UniprotSequence getUniprotSequence()
86   {
87     return sequence;
88   }
89
90   public void setUniprotSequence(UniprotSequence seq)
91   {
92     sequence = seq;
93   }
94
95   public Vector<PDBEntry> getDbReference()
96   {
97     return dbrefs;
98   }
99
100   public void setDbReference(Vector<PDBEntry> dbref)
101   {
102     this.dbrefs = dbref;
103   }
104
105 }