src/jalview/datamodel/UniprotSequence.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 /**
  24  * Data model for the sequence returned by a Uniprot query
  25  *
  26  * @see uniprot_mapping.xml
  27  */
  28 public class UniprotSequence
  29 {
  30   private String _content = "";
  31
  32   /**
  33    * Sets the content string, omitting any space characters
  34    *
  35    * @param seq
  36    */
  37   public void setContent(String seq)
  38   {
  39     if (seq != null)
  40     {
  41       StringBuilder sb = new StringBuilder(seq.length());
  42       for (int i = 0; i < seq.length(); i++)
  43       {
  44         if (seq.charAt(i) != ' ')
  45         {
  46           sb.append(seq.charAt(i));
  47         }
  48       }
  49       _content = sb.toString();
  50     }
  51   }
  52
  53   public String getContent()
  54   {
  55     return _content;
  56   }
  57
  58 }