src/jalview/datamodel/VisibleContigsIterator.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.Iterator;
   5 import java.util.List;
   6
   7 /**
   8  * An iterator which iterates over visible regions in a range.
   9  */
  10 public class VisibleContigsIterator implements Iterator<int[]>
  11 {
  12   private List<int[]> vcontigs = new ArrayList<>();
  13
  14   private int currentPosition = 0;
  15
  16   VisibleContigsIterator(int start, int end,
  17           List<int[]> hiddenColumns)
  18   {
  19     if (hiddenColumns != null && hiddenColumns.size() > 0)
  20     {
  21       int vstart = start;
  22       int hideStart;
  23       int hideEnd;
  24
  25       for (int[] region : hiddenColumns)
  26       {
  27         hideStart = region[0];
  28         hideEnd = region[1];
  29
  30         // navigate to start
  31         if (hideEnd < vstart)
  32         {
  33           continue;
  34         }
  35         if (hideStart > vstart)
  36         {
  37           int[] contig = new int[] { vstart, hideStart - 1 };
  38           vcontigs.add(contig);
  39         }
  40         vstart = hideEnd + 1;
  41
  42         // exit if we're past the end
  43         if (vstart >= end)
  44         {
  45           break;
  46         }
  47       }
  48
  49       if (vstart < end)
  50       {
  51         int[] contig = new int[] { vstart, end - 1 };
  52         vcontigs.add(contig);
  53       }
  54     }
  55     else
  56     {
  57       int[] contig = new int[] { start, end - 1 };
  58       vcontigs.add(contig);
  59     }
  60   }
  61
  62   @Override
  63   public boolean hasNext()
  64   {
  65     return (currentPosition < vcontigs.size());
  66   }
  67
  68   @Override
  69   public int[] next()
  70   {
  71     int[] result = vcontigs.get(currentPosition);
  72     currentPosition++;
  73     return result;
  74   }
  75 }
  76