JAL-2994 put ‘\’ first in character class clause of regex - otherwise doesn’t compile...
[jalview.git] / src / jalview / datamodel / VisibleRowsCollection.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
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8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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11  *  
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13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.datamodel;
22
23 import jalview.api.AlignmentRowsCollectionI;
24
25 import java.util.Iterator;
26
27 public class VisibleRowsCollection implements AlignmentRowsCollectionI
28 {
29   int start;
30
31   int end;
32
33   AlignmentI alignment;
34
35   public VisibleRowsCollection(int s, int e, AlignmentI al)
36   {
37     start = s;
38     end = e;
39     alignment = al;
40   }
41
42   @Override
43   public Iterator<Integer> iterator()
44   {
45     return new VisibleRowsIterator(start, end, alignment);
46   }
47
48   @Override
49   public boolean isHidden(int seq)
50   {
51     return false;
52   }
53
54   @Override
55   public SequenceI getSequence(int seq)
56   {
57     return alignment.getSequenceAtAbsoluteIndex(seq);
58   }
59
60   @Override
61   public boolean hasHidden()
62   {
63     return false;
64   }
65 }