src/jalview/datamodel/VisibleRowsCollection.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentRowsCollectionI;
  24
  25 import java.util.Iterator;
  26
  27 public class VisibleRowsCollection implements AlignmentRowsCollectionI
  28 {
  29   int start;
  30
  31   int end;
  32
  33   AlignmentI alignment;
  34
  35   public VisibleRowsCollection(int s, int e, AlignmentI al)
  36   {
  37     start = s;
  38     end = e;
  39     alignment = al;
  40   }
  41
  42   @Override
  43   public Iterator<Integer> iterator()
  44   {
  45     return new VisibleRowsIterator(start, end, alignment);
  46   }
  47
  48   @Override
  49   public boolean isHidden(int seq)
  50   {
  51     return false;
  52   }
  53
  54   @Override
  55   public SequenceI getSequence(int seq)
  56   {
  57     return alignment.getSequenceAtAbsoluteIndex(seq);
  58   }
  59
  60   @Override
  61   public boolean hasHidden()
  62   {
  63     return false;
  64   }
  65 }