src/jalview/datamodel/annotations/AnnotationRowBuilder.java

   1 package jalview.datamodel.annotations;
   2
   3 import jalview.datamodel.Annotation;
   4 import jalview.structure.StructureImportSettings;
   5 import jalview.structure.StructureImportSettings.TFType;
   6
   7 public class AnnotationRowBuilder
   8 {
   9
  10   String name;
  11
  12   boolean hasDescription = false;
  13
  14   String description;
  15
  16   boolean hasMinMax = false;
  17
  18   /**
  19    * the type of temperature factor plot (if it is one)
  20    */
  21   private StructureImportSettings.TFType tfType = StructureImportSettings.TFType.DEFAULT;
  22
  23   public void setTFType(StructureImportSettings.TFType t)
  24   {
  25     tfType = t;
  26   }
  27
  28   public StructureImportSettings.TFType getTFType()
  29   {
  30     return tfType;
  31   }
  32
  33   public String getName()
  34   {
  35     return name;
  36   }
  37
  38   public void setName(String name)
  39   {
  40     this.name = name;
  41   }
  42
  43   public boolean isHasDescription()
  44   {
  45     return hasDescription;
  46   }
  47
  48   public void setHasDescription(boolean hasDescription)
  49   {
  50     this.hasDescription = hasDescription;
  51   }
  52
  53   public String getDescription()
  54   {
  55     return description;
  56   }
  57
  58   public void setDescription(String description)
  59   {
  60     this.description = description;
  61   }
  62
  63   public boolean isHasMinMax()
  64   {
  65     return hasMinMax;
  66   }
  67
  68   public void setHasMinMax(boolean hasMinMax)
  69   {
  70     this.hasMinMax = hasMinMax;
  71   }
  72
  73   public float getMin()
  74   {
  75     return min;
  76   }
  77
  78   public void setMin(float min)
  79   {
  80     this.min = min;
  81   }
  82
  83   public float getMax()
  84   {
  85     return max;
  86   }
  87
  88   public void setMax(float max)
  89   {
  90     this.max = max;
  91   }
  92
  93   float min, max;
  94
  95   public AnnotationRowBuilder(String string)
  96   {
  97     name = string;
  98   }
  99
 100   public AnnotationRowBuilder(String name, float min, float max,
 101           StructureImportSettings.TFType tft)
 102   {
 103     this(name, min, max);
 104     setTFType(tft);
 105   }
 106
 107   public AnnotationRowBuilder(String name, float min, float max)
 108   {
 109     this(name);
 110     this.min = min;
 111     this.max = max;
 112     this.hasMinMax = true;
 113   }
 114
 115   /**
 116    * override this to apply some form of transformation to the annotation - eg a
 117    * colourscheme
 118    *
 119    * @param annotation
 120    */
 121   public void processAnnotation(Annotation annotation)
 122   {
 123
 124   }
 125 }