src/jalview/datamodel/features/NCNode.java

   1 package jalview.datamodel.features;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.List;
   5
   6 /**
   7  * Each node of the NCList tree consists of a range, and (optionally) the NCList
   8  * of ranges it encloses
   9  *
  10  * @param <V>
  11  */
  12 class NCNode<V extends ContiguousI>
  13 {
  14   /*
  15    * deep size (number of ranges included)
  16    */
  17   private int size;
  18
  19   private V region;
  20
  21   private NCList<V> subregions;
  22
  23   /**
  24    * Constructor
  25    *
  26    * @param ranges
  27    */
  28   NCNode(List<V> ranges)
  29   {
  30     build(ranges);
  31   }
  32
  33   /**
  34    * Constructo
  35    *
  36    * @param range
  37    */
  38   NCNode(V range)
  39   {
  40     List<V> ranges = new ArrayList<V>();
  41     ranges.add(range);
  42     build(ranges);
  43   }
  44
  45   /**
  46    * @param ranges
  47    */
  48   protected void build(List<V> ranges)
  49   {
  50     size = ranges.size();
  51
  52     if (!ranges.isEmpty())
  53     {
  54       region = ranges.get(0);
  55     }
  56     if (ranges.size() > 1)
  57     {
  58       subregions = new NCList<V>(ranges.subList(1, ranges.size()));
  59     }
  60   }
  61
  62   int getStart()
  63   {
  64     return region.getBegin();
  65   }
  66
  67   int getEnd()
  68   {
  69     return region.getEnd();
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public String toString() {
  74     StringBuilder sb = new StringBuilder(10 * size);
  75     sb.append(region.getBegin()).append("-").append(region.getEnd());
  76     if (subregions != null)
  77     {
  78       sb.append(" ").append(subregions.toString());
  79     }
  80     return sb.toString();
  81   }
  82
  83   /**
  84    * Add any ranges that overlap the from-to range to the result list
  85    *
  86    * @param from
  87    * @param to
  88    * @param result
  89    */
  90   void addOverlaps(long from, long to, List<V> result)
  91   {
  92     if (region.getBegin() <= to && region.getEnd() >= from)
  93     {
  94       result.add(region);
  95     }
  96     if (subregions != null)
  97     {
  98       subregions.findOverlaps(from, to, result);
  99     }
 100   }
 101
 102   /**
 103    * Add one range to this subrange
 104    *
 105    * @param entry
 106    */
 107   public synchronized void add(V entry)
 108   {
 109     if (entry.getBegin() < region.getBegin() || entry.getEnd() > region.getEnd()) {
 110       throw new IllegalArgumentException(String.format(
 111               "adding improper subrange %d-%d to range %d-%d",
 112               entry.getBegin(), entry.getEnd(), region.getBegin(),
 113               region.getEnd()));
 114     }
 115     if (subregions == null)
 116     {
 117       subregions = new NCList<V>(entry);
 118     }
 119     else
 120     {
 121       subregions.add(entry);
 122     }
 123   }
 124 }