src/jalview/datamodel/features/RangeComparator.java

   1 package jalview.datamodel.features;
   2
   3 import java.util.Comparator;
   4
   5 /**
   6  * A comparator that orders ranges by either start position or end position
   7  * ascending. If the position matches,
   8  *
   9  * @author gmcarstairs
  10  *
  11  */
  12 public class RangeComparator implements Comparator<ContiguousI>
  13 {
  14   boolean byStart;
  15
  16   @Override
  17   public int compare(ContiguousI o1, ContiguousI o2)
  18   {
  19     int len1 = o1.getEnd() - o1.getBegin();
  20     int len2 = o2.getEnd() - o2.getBegin();
  21
  22     if (byStart)
  23     {
  24       return compare(o1.getBegin(), o2.getBegin(), len1, len2);
  25     }
  26     else
  27     {
  28       return compare(o1.getEnd(), o2.getEnd(), len1, len2);
  29     }
  30   }
  31
  32   /**
  33    * Compares two ranges for ordering
  34    *
  35    * @param pos1
  36    *          first range positional ordering criterion
  37    * @param pos2
  38    *          second range positional ordering criterion
  39    * @param len1
  40    *          first range length ordering criterion
  41    * @param len2
  42    *          second range length ordering criterion
  43    * @return
  44    */
  45   public int compare(long pos1, long pos2, int len1, int len2)
  46   {
  47     int order = Long.compare(pos1, pos2);
  48     if (order == 0)
  49     {
  50       /*
  51        * if tied on position order, longer length sorts to left
  52        * i.e. the negation of normal ordering by length
  53        */
  54       order = -Integer.compare(len1, len2);
  55     }
  56     return order;
  57   }
  58
  59   /**
  60    * Constructor
  61    *
  62    * @param byStartPosition
  63    *          if true, order based on start position, if false by end position
  64    */
  65   public RangeComparator(boolean byStartPosition)
  66   {
  67     byStart = byStartPosition;
  68   }
  69 }