src/jalview/datamodel/ontology/OntologyBase.java

   1 package jalview.datamodel.ontology;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.HashSet;
   5 import java.util.List;
   6 import java.util.Set;
   7
   8 /**
   9  * A base class for models of Sequence Ontology and others
  10  *
  11  * @author gmcarstairs
  12  *
  13  */
  14 public abstract class OntologyBase implements OntologyI
  15 {
  16   @Override
  17   public Set<String> getParentTerms(Set<String> terms)
  18   {
  19     Set<String> parents = new HashSet<>(terms);
  20
  21     boolean childRemoved = true;
  22     while (childRemoved)
  23     {
  24       childRemoved = removeChild(parents);
  25     }
  26     return parents;
  27   }
  28
  29   /**
  30    * Removes the first term in the given set found which is a child of another
  31    * term in the set. Answers true if a child was found and removed, else false.
  32    *
  33    * @param terms
  34    * @return
  35    */
  36   boolean removeChild(Set<String> terms)
  37   {
  38     for (String t1 : terms)
  39     {
  40       for (String t2 : terms)
  41       {
  42         if (t1 != t2)
  43         {
  44           if (isA(t1, t2))
  45           {
  46             terms.remove(t1);
  47             return true;
  48           }
  49           if (isA(t2, t1))
  50           {
  51             terms.remove(t2);
  52             return true;
  53           }
  54         }
  55       }
  56     }
  57     return false;
  58   }
  59
  60   @Override
  61   public List<String> getChildTerms(String parent, List<String> terms)
  62   {
  63     List<String> children = new ArrayList<>();
  64     for (String term : terms)
  65     {
  66       if (!term.equals(parent) && isA(term, parent))
  67       {
  68         children.add(term);
  69       }
  70     }
  71     return children;
  72   }
  73 }